STdeconvolve公司
多细胞空间解析转录组学数据的无参考细胞类型反褶积
生物导体版本：释放（3.19）
STdeconvolve是一种无监督、无参考的方法，用于从空间转录组学（ST）数据集推断多细胞空间解析像素中的潜在细胞类型比例和转录谱。STdeconvolve建立在潜在Dirichlet分配（LDA）的基础上，LDA是一种生成性统计模型，通常用于自然语言处理，用于发现文档集合中的潜在主题。在自然语言处理的上下文中，给定文档中单词的计数矩阵，LDA推断每个主题的单词分布以及每个文档中主题的分布。在ST数据的背景下，给定多细胞ST像素中基因表达的计数矩阵，STdeconvolve应用LDA推断每个细胞类型的假定转录谱以及每个细胞类型在每个多细胞ST象素中的比例表示。
作者：布伦丹·米勒
，Jean Fan[aut]
维护人员：布伦丹·米勒（Brendan Miller）<bmill3r at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“STdeconvolve”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“STdeconvolve”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“STdeconvolve”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,基因表达,RNA序列,软件,空间,转录组学,可视化 |
| 版本 |
1.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
主题模型,生物并行,矩阵，方法，mgcv公司,ggplot2,散乱的,病毒属,砰地关上，统计，线索、狮虎，重塑2、图形、grDevices、utils |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://jef.works/STdeconvolve/ |
| 错误报告 |
https://github.com/JEFworks-Lab/STdeconvolve/issues |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
