SOMNiBUS公司
亚硫酸氢盐序列的平滑建模
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包旨在分析预定义基因组区域的基于计数的甲基化数据，例如通过靶向测序获得的数据，从而识别与表型或性状相关的差异甲基化区域（DMR）。该方法建立了一个丰富灵活的模型，允许多个协变量对甲基化水平的影响沿基因组区域平滑变化。同时，该方法还允许测序错误，并可以调整细胞类型混合物的可变性。
作者：赵凯琼[aut]，凯思琳·克莱恩[cre]，奥黛丽·莱马松[ctb，ctr]，西蒙·劳林·莱梅[ctb、ctr]，我的智能机器公司[ctr]，西莉亚·格林伍德[ths，aut]
维护人员：凯瑟琳·克莱恩（Kathleen Klein）<Kathleen.Klein at mail.mcgill.ca>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SOMNiBUS”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“SOMNiBUS”）
细节
| 生物视图 |
脱氧核糖核酸甲基化,差异甲基化,表观遗传学,功能预测,回归,排序,软件 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学3.13（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.1.0） |
| 进口 |
矩阵,mgcv公司，统计，VGAM公司,I范围,基因组信息Db,基因组学范围,rtracklayer公司,S4载体,生物技术经理,注释器,山药，实用程序，bsseq公司,重塑2,数据表,ggplot2,第三年 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,冠状病毒,开发工具,数字播放器,针织者,魔法,rmarkdown公司,测试那个,TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg38.known基因,TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因,组织Hs.eg.db |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
