SNPhood公司
SNPhood：使用NGS数据调查、量化和可视化SNP的表观基因组邻域
生物导体版本：释放（3.19）
迄今为止，已发现数千个单核苷酸多态性（SNP）与复杂性状和疾病相关。然而，这些与疾病相关的SNP绝大多数位于基因组的非编码部分，可能影响调控元件，如增强子和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，为了了解遗传性状和疾病的分子机制，研究SNP对染色质环境或转录因子（TF）结合等邻近分子性状的影响变得越来越重要。为此，我们开发了SNPhood，这是一个用户友好的*Bioconductor*R软件包，用于调查和可视化NGS数据感兴趣的一组SNP的局部邻域，例如ChIP-Seq或RNA-Seq实验中的染色质标记或转录因子结合位点。SNPhood包含一组易于使用的功能，用于提取、规范化和汇总基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用其他输入文件规范化读取计数，并根据绑定模式对区域进行聚类和可视化。每个SNP周围的区域可以以用户定义的方式装箱，以便分析非常广泛的模式以及详细调查特定的装订形状。此外，SNPhood支持与基因型信息集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，SNPhood可用于确定、研究和可视化感兴趣SNP周围的等位基因特异性结合模式。
作者：Christian Arnold[aut，cre]，Pooja Bhat[aut]，Judith Zaugg[aut]
维护人员：克里斯蒂安·阿诺德（Christian Arnold）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SNPhood”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“SNPhood”）
细节
| 生物视图 |
软件 |
| 版本 |
1.34.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.2（R-3.2）（8.5年） |
| 许可证 |
LGPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），基因组范围,Rsamtools软件,数据表,将死 |
| 进口 |
DESeq2公司,集群,ggplot2,格子,基因组信息Db(>= 1.34.8),生物并行,变量注释,生物遗传学,I范围、方法、，总结性实验,R彩色啤酒,生物管柱，gr设备，额外网格，stats，网格，utils，重塑2,规模,S4载体 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/SNPhood网站 |
| 错误报告 |
邮寄地址： |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
