范围
单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法
生物导体版本：释放（3.19）
全基因组单细胞DNA测序（scDNA-seq）能够在细胞水平上表征拷贝数分布。这避免了与大块组织测序相关的平均效应，提高了分辨率，但减少了癌症亚克隆的去卷积和癌症进化史的模糊性。然而，由于在文库准备和测序过程中引入的偏差和伪影，ScDNA-seq数据即使在同质细胞群中也是稀疏、有噪声且高度可变的。在这里，我们提出了SCOPE，一种用于scDNA-seq数据的归一化和拷贝数估计方法。SCOPE的显著特点包括：（i）利用细胞特异性基尼系数进行质量控制和鉴定正常/二倍体细胞，这些细胞在泊松潜在因子模型中进一步用作阴性对照样本进行归一化；（ii）使用嵌入在泊松广义线性模型中的期望最大化算法对GC含量偏差进行建模，该模型解释了基因组中不同的拷贝数状态；（iii）跨样本迭代分割程序，以识别来自相同遗传背景的细胞之间共享的断点。
作者：王如金、林丹玉、蒋玉超
维护人员：王如金（Rujin Wang）<Rujin at email.unc.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“范围”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“范围”）
细节
| 生物视图 |
对齐,副本编号变化,新闻报道,DNASeq公司,数据导入,规范化,质量控制,排序,单个单元格,软件,全基因组 |
| 版本 |
1.16.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.11（R-4.0）（4年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=3.6.0），基因组范围,I范围,Rsamtools软件,基因组信息Db,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校19号 |
| 进口 |
stats、grDevices、graphics、utils、，描述工具,R彩色啤酒,gplots（gplots）,foreach公司，平行，do并行,DNA副本,牛基因组,生物串,生物遗传学,S4载体 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
|
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
