S4矢量

生物导体中类载体和类列表容器的建立


生物导体版本:释放(3.19)

S4Vectors包定义了Vector和List虚拟类以及一组通用函数,这些函数扩展了R中普通向量和列表的语义。包开发人员可以轻松地将类向量或类列表对象实现为Vector或List的具体子类。此外,在S4Vectors包本身中实现了一些普遍感兴趣的低级具体子类(例如DataFrame、Rle、Factor和Hits)(在IRanges包和其他Bioconductor基础设施包中实现了更多)。

作者:HervéPagès[aut,cre],Michael Lawrence[aut],Patrick Aboyoun[aut],Aaron Lun[ctb],Beryl Kanali[ctb](从Swave转换为RMarkdown的小插曲)

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“S4Vectors”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“S4Vectors”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“S4矢量”)
S4级系统的快速概述 PDF格式 R脚本
S4Vectors包概述 HTML格式 R脚本
Rle提示和技巧 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据表示,基础设施,软件
版本 0.42.1
生物技术3.0(R-3.1)(10年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),方法,实用程序,统计,统计4,生物遗传学(>= 0.37.0)
进口
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/S4载体
错误报告 https://github.com/Bioconductor/S4Vectors/issues网站
查看更多
建议 I范围,基因组范围,总结性实验,矩阵,DelayedArray(延迟阵列),ShortRead(短阅读),图表,数据表,RU单位,仿生风格,针织物
链接到
增强功能
取决于我 阿尔奇德芬夫斯,注释中心数据,ATACseqQC公司,班布,带子,贝塔HMM,生物串,业务连续性,牛基因组,颠簸猎人,红衣主教,单元格映射器,CexoR公司,奇姆拉维兹,ChIPpeakAnno公司,芯片序列,ChIPseqR公司,类别R,cliProfiler(剪辑档案器),CODEX公司,复合Db,科塞克,CSAR公司,CSSQ公司,DelayedArray(延迟阵列),延迟数据帧,DESeq2公司,DEXSeq公司,狄利克雷多项式,DMCFB公司,DMCHMM公司,DMR调用者,表观基因混合,实验中心数据,ExpressionAtlas公司,fCCAC公司,GA4GH客户端,基因组信息Db,基因组比对,基因组特征,基因组范围,基因组得分,基因组二联体,Geomx工具,吉拉菲,格罗HMM,Gviz公司,hdxmsqc,HelloRanges(HelloRange),苍鹭,InTAD公司,内部专家,I范围,林蒂恩,织机实验,m6上方,MetNet公司,MotifDb公司,M数据库,多数据,多模式实验,NAD查找器,NanoStringNC工具,NBAMSeq公司,八度音阶,OGRE公司,OTU基地,帕德玛,PS匹配,pwalling(pwallign),Rcwl公司,RegEnrich公司,RepViz公司,RNAmodR(无线电导航修改器),Rn珠子,S4阵列,scDataviz公司,屏幕计数器,段序列,seqArchRplus系列,SeqGate公司,备用阵列,光谱,SQL数据框架,构造字符串,自上而下,树总结实验,TRESS公司,三联体,txdb制造商,更新对象,变型实验,变量工具,乌尔坎人,十六矢量,太平洋航空公司,pd.aragene.1.0.st,pd.aragenee.1.1.st版,pd.ath1.121501,pd.巴利1,pd.bovgene.1.0.st版,pd.bovgene.1.1.st版本,pd.绵羊,pd.枯草杆菌,pd.范围.1.0.st,pd.范围.1.1.st,pd.嘌呤,pd.犬齿。2,pd.线虫,pd.鸡肉,pd.chigene.1.0.st,pd.chigene.1.st文件,pd.chogene.2.0.st,pd.chogenee.2.1.st版,pd.柑橘,pd.clariom.d.人类,pd.clariom.s.人类,pd.clariom.s.human.ht公司,pd.clariom.s.mouse公司,pd.clariom.s.mouse.ht公司,pd.clariom.s.rat公司,pd.clariom.s.rat.ht公司,pd.棉花,pd.语法.1.0.st,pd.cyngene.1.st版本,pd.cyrgene.1.0.st版,产品编号:1.1.st,pd.cytogenetics.阵列,pd.dogene.1.0.st版,pd.drogene.1.st(产品描述),玫瑰基因组1,pd.果蝇.2,pd.大肠杆菌.2,大肠杆菌,电子邮箱.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.st版,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st版,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.st文件,pd.fingene.1.0.st,pd.fingene.1.st文件,pd.基因组5,基因组DNA第6页,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.st文件,pd.hc.g110号文件,pd.hg.焦点,pd.hg.u133.加.2,pd.hg.u133a型,钯汞铀133a.2,pd.hg.u133a.标签,pd.hg.u133b型,pd.hg.u219型,pd.hg.u95a型,pd.hg.u95av2型,pd.hg.u95b型,pd.hg.u95c型,pd.hg.u95d型,pd.hg.u95e型,pd.hg18.60mer.expr公司,pd.ht.hg.u133.plus.pm文件,pd.ht.hg.u133a型,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0版,pd.hu6800型,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st版,pd.尺寸,pd.映射250k.nsp,pd.mapping250k.sty公司,pd.mapping50k.hind240,pd.映射50k.xba240,pd.margene.1.0.st版,pd.大号.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.st(零件编号:,pd.医学,pd.mg.u74a型,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b型,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c型,pd.mg.u74cv2型,局部mirna.1.0,pd.mirna.2.0版,局部mirna.3.0,pd.米尔纳4.0,pd.moe430a公司,pd.moe430b公司,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st(pd.mogen.2.0.st),pd.发电机.2.1.st,局部放电鼠标430.2,pd.鼠标430a.2,pd.mta.1.0版,pd.mu11ksuba公司,pd.mu11k橡胶,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.卵生.1.0.st,pd.卵生.1.1.st,pd.pae.g1a,磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷磷,pd.pollar公司,pd.猪,pd.porgene.1.0.st版,pd.porgene.1.1.st文件,pd.rabgene.1.0.st,pd.rabgene.1.st文件,pd.rae230a型,pd.rae230b型,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragen.1.0.st.v1,pd.代理1.1.st.v1,pd.代理.2.0.st,pd.代理2.1.st,局部额定值230.2,pd.rcngene.1.0.st,pd.rcngene.1.1.st版本,pd.rg.u34a型,pd.rg.u34b型,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.st文件,pd.rhesus公司,pd.冰,pd.rjpgene.1.0.st版,pd.rjpgene.1.1.st文件,pd.rn.u34号,局部放射治疗1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.st文件,pd.s.aureus公司,太平洋岛国,pd.大豆.1.0.st,pd.大豆.1.1.st,pd.甘蔗,pd.托马托,pd.u133.x3p型,葡萄球菌,pd.小麦,pd.x.laevis.2号,pd.x.热带,帕金森氏症,pd.酵母.2,pd.yg.s98型,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.st,pd.斑马鱼,管理PCaData,scATAC。资源管理器,基因调控
导入我 A计算,副翼SCarial,附加核心工具,聚合BioVar,航空零件,雪花石膏底座,雪花石膏浮雕,雪花石膏文件,雪花石膏,雪花石膏矩阵,雪花石膏.范围,雪花石膏.se,雪花石膏.空间,雪花石膏串,雪花石膏.vcf,ALDEx2型,过敏性失衡,放大器,ANCOMBC公司,AneuFinder(网络查找器),微生物,注释Dbi,注释锻造,批注中心,注释器,附着8R,ASpli公司,阿苏拉特,ATACseqTFEA公司,阿泰纳,自治,BadRegionFinder(错误区域查找器),舞会礼服,Banksy银行,条形码跟踪R,BASiCS公司,配料器,贝叶斯空间,比…更好,绑定SiteFinder,生物轮毂闪亮,生物信息组织,生物邻居,生物OncoTK,生物集,BiocSingular公司,生物钟,biovizBase公司,饼干商,业务连续性,咆哮,英国广播公司,BPRMeth公司,分支指针,断点R,BREW3R公司。第页,BSgenomeForge公司,b序列,凹凸矩阵,BUSpaRse公司,BUSseq公司,CAGEfightR公司,CAGEr公司,卡德利诺,卡迪纳里奥,卡斯珀,催化剂,cBioPortalData公司,ccfindR公司,塞拉夫,塞尔达,单元格条形码,审查,Cepo公司,CeTF公司,cfdnakit公司,切塔,芯片富集,ChIPexoQual公司,中国药监会,ChIP寻求者,ChromS磁带,色度,色度VAR,西塞罗,循环RNA分析器,圆形序列对齐Tk,城市保险丝,清理上TSeq,切割器,离合器MSID,集群实验,集群(clustifyr),中国能源研究院,cn.mops(中文),CNV计量,CNV电池,CNV愤怒,可可,CoGAPS公司,科吉托,comapr公司,compEpiTools公司,同意DE,寻求共识,核心Gx,封面视图,crispr底座,crispr设计,CRISPseek公司,清爽闪亮,克里斯普雷瓦尔主义者,crisprViz公司,计算机辅助焊接,CTD查询器,cummeRbund公司,CuratedAtlasQueryR,自定义ProDB,锡达尔,细胞fQC,细胞核,细胞描记器,细胞查看器,DAME查找器,清理机,DECIPHER公司,去肿瘤2Sig,解译X,去变频,DEF格式,DegCre公司,DegNorm(度正常),DEG报告,延迟矩阵统计,测深仪,derfinder助手,derfinder图,德斯卡纳2,DESpace空间,DEWSeq公司,差异绑定,差异(diffcyt),差异Hic,差速器,恐龙,迪斯科节奏,同上序号,DMR类别,数据管理服务,DNA融合,剂量R,梦想家,DRIMSeq公司,DropletUtils公司,药物靶向相互作用,d结构,easyRNA序列,eisaR公司,ELMER公司,enhancer同源搜索,扩展浏览器,综合数据库,信号群VEP,会厌HMM,EpiMix公司,表观突变子,表调节子,套头衫,EpiTxDb公司,epivizr公司,epivizrData公司,epivizr独立,埃玛,esATAC公司,事件指针,实验中心,实验子集,探索模型矩阵,外部ChIP,事实R,快速清洁剂,fastseg公司,过滤器FFPE,结果IT2,鱼塘,火焰,flowCore(流动堆芯),流工作区,弗雷泽,保险丝SOM,GA4GH小巧,gcapc公司,gDNAx公司,gDR核心,gDR导入,gDRutils公司,GDS阵列,杰玛。R(右),基因区域扫描,起源,GeneTonic公司,基因组学,基因组自同构,基因组间隔,基因组比对,基因组文件,基因组相互作用节点,基因组相互作用,GenomicOZone基因,基因组超级签名,ggbio公司,格利玛,gmapR(gmapR),格莫维兹,GOpro公司,GOTHiC公司,GRaNIE公司,GRmetrics公司,GSEA基准,GSVA公司,指南eq,格瓦斯卡,h5vc公司,HDF5阵列,爱马仕,HicAggR公司,HiC支架,HiC比较,HiCDOC公司,HiCE实验,Hi联系人,HiCool公司,hicVenn图,HiLDA公司,希帕提亚,hmdb查询,HTSeqGenie软件,人类转录本简编,冰茶,理想的,国际单项体育联合会,ILoReg公司,IMAS公司,imcR工具,监督,交互集,交互式复杂热图,InterMineR公司,iSEE公司,iSeed(搜索引擎代码),iSEE集线器,iSEE路径,iSEEu公司,异贝叶斯,IsoformSwitch分析仪,等轴测Rs,IVAS系统,常春藤,核倍体R,卡特探测器,烤羊肉串,了解您的CG,列夫瑟,狐猴,利姆卡,狮子座R,脂质,丽莎·克吕斯特,位置2路径,洛拉,琵琶,MACSr公司,MADSEQ公司,喜鹊,市场关注度指数,水手,马尔,桅杆,mbkmeans(百万美元),mCSEA公司,膳食,梅瑟,MesKit(网格工具包),元组合器,元注释,亚eqR2,MetCirc公司,方法继承模拟,有条不紊的,MethReg公司,methrix公司,甲基CC,甲基遗传,甲基试剂盒,甲基管道,甲基Sig,甲基脲,MGnifyR公司,米娅,迈阿西姆,迈阿维兹,微生物标记,MICSQTL公司,米达斯HLA,百万卢比,模仿者,米菲,最小距离,米拉,MiRaGE公司,甲基错误,missRows(错误行),丝裂原克隆2,MMDiff2(最大差值2),呻吟,移动RNA,Modstrings模式,分子实验,蒙娜丽莎,马赛克,莫斯戴夫,MOSim(莫西姆),Motif2站点,motifbreakR图案,图案匹配器,motif测试R,多功能分析,海事处,MsBackendMassbank,消息后端管理,返回消息,MsBackendRawFileReader,MsBackendSql,MsCoreUtils(MsCore实用程序),理学硕士实验,消息bsR,理学硕士预科,多重分析实验,多数据集,多RNAflow,多阶段QTL,蒙莫萨,麝香葡萄酒,音乐剧,突变模式,我的基因,我变种,纳米MethViz,ncRNA工具,nearBynding公司,核子模拟,核素R,空范围,寡类,omics查看器,oncscanR公司,本体程序,openPrimeR(打开底漆),ORFik公司,有机体Dbi,有机体.dplyr,正位体,外行人,OutSplice接口,packFinder(包查找器),帕拉迪斯,成对GSEA,面板.顶部,过去的,pca浏览器,PDATK(掌上电脑),pdInfoBuilder,Pedixplorer公司,周期性DNA,第页,药物Gx,PhIP数据,PhosR手机,发出砰的声响,管道Comp,交互作用,plyranges系列,pmp(pmp),波哥斯人,聚酯纤维,pqs指示器,婴儿车,预选赛,精确TAD,基本TSS,积极主动,原核细胞,项目开发署,剖面(profileplyr),ProteoDisco公司,PureCN公司,PWMEnrich公司,qc度量,Q功能,qp图,qsea公司,QTLE实验,QuasR公司,R3CPET公司,R453Plus 1工具箱,收音机Gx,雷尔,Ragged实验,RAIDS公司,冲压机,RareVariantVis系列,RBio格式,区域协调机构,Rcis目标,钢筋混凝土管道,重新计票,重新计票3,重新计算甲基化,补偿,区域ST,区域R,区域报告,重新拼接,regutools公司,REMP公司,Repitools公司,残差矩阵,RESOLVE(解决),重新使用数据,再曝光,射频放大器室,RGMQL公司,RgnTX公司,rGREAT公司,RiboDiPA公司,Ribo配置文件,核糖核糖,核糖SeqR,核糖体轮廓QC,里菲语,rifi比较,RJMCMC核小体,人民币,rna编辑器,RNAmodR(导航修正)。碱性系列,RNAmodR(导航修正)。毫升,RNAmodR(导航修正)。RiboMethSeq(RiboMeth序列),咆哮,rpr定时器,Rqc公司,Rsamtools软件,rScudo公司,RTCGA工具箱,RTN公司,rtracklayer公司,窗框,补充条款3,缩放矩阵,扫描最小值,扫描MiRApp,SCArray公司,SCArray.sat公司,散射,sc分类,scDbl查找器,标准尽职调查,供应链控制系统,scHOT公司,剪刀,scmap(scmap),sc合并,scMET公司,SC规范,范围,供应链计划,sc管道,尖叫声,sc曲目,scRNAseq应用程序,毛茸茸的,scTensor公司,scTGIF公司,scTreeViz软件,舷窗,scviR公司,,分段器,SeqArray(序列阵列),seqCAT,序列,SeqSQC公司,SeqVarTools(序列变量工具),芝麻,SE工具,七桥,七摄氏度,SGSeq公司,ShortRead(短阅读),西蒙娜,模拟PIC,simpleSeg(简单示例),单细胞通道实验,单细胞实验,单细胞TK,单个R,辛斯科,西塔德拉,串肉串,弹弓,猛打,SNPhood公司,soGGi公司,躯体特征,SOMNiBUS公司,西班牙猎犬,空间实验,空间特征实验,空间热图,空间Omics叠加,斯帕齐,辣味R,尖刺状的,溢出R,飞溅,拼接向导,拼接图,SPLINTER公司,现场清理,sRACIPE公司,斯纳迪夫,标准R,静态,绞线检查,结构,结构变量注释,总结性实验,svaNUMT公司,svaRetro公司,同步扩展,系统管道R,塔达尔,TAPseq公司,TBSignatureProfiler(签名档案器),TCG生物链,TCG实用程序,TENxIO公司,terraTCGA数据,TFBS工具,TFHAZ公司,垃圾堆,tidyCoverage公司,tidy单细胞实验,tidy空间实验,tidy总结实验,平铺DBArray,TnT时间,毒物Gx,轨迹查看器,tradeSeq(交易序列),轨迹实用程序,转录本R,变速器,TransView公司,树冠R,时髦的,三轮车,tRNA,tRNAdb导入,tRNAscanImport(tRNAscan导入),TSCAN公司,电视广播公司,双重pcr,tx转换器,tximeta公司,UCSC.utils公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,普世运动,UPDhmm(更新),VanillaICE公司,变量注释,变量筛选,VaSP公司,VCF阵列,VDJ驱动,测速器,视频IO,旅行者号,VplotR文件,wavClusteR(波浪俱乐部),威特里克斯,摇摆图,xcms公司,x芯,XNA字符串,十六矢量,山药,zellkonverter公司,BioMartGO基因集,fitCons公司。加州大学圣保罗分校hg19,MafDb.1Kgenomes.第1阶段.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase1.hs37d5,MafDb.1K基因组.phase3.GRCh38,MafDb.1K基因组.phase3.hs37d5,MafDb公司。执行AC.r1.0.GRCh38,MafDb公司。执行AC.r1.0.hs37d5,MafDb公司。ExAC.r1.0-nonTCGA。GRCh38型,MafDb公司。ExAC.r1.0nonTCGA.hs37d5执行码,MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38型,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5公司,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38制造商,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5公司,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg19,MafDb公司。TOPMedit.冷冻5.hg38,MafH5.标称AD.v3.1.2.GRCh38,MafH5.标称AD.v4.0.GRCh38,相位cons100路。加州大学圣保罗分校hg19,相位cons100路。加州大学旧金山分校.hg38,相位cons7路。加州大学旧金山分校hg38,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,细胞索引,chiperich.data(芯片丰富数据),芯片序列数据库数据,管理的宏基因组数据,管理的TCGA数据,DNA动物数据,DropletTest文件,流排序。鲜血。EPIC公司,四个DN数据,HCA onsilData公司,高复制RNA序列,HMP16S数据,HMP2数据,高智商DEE2细胞分数,imc数据集,leeBam视图,MerfishData公司,MetaGx胰腺,MetaScope(元作用域),甲基SeqData,微生物基准数据,鼠标胃部数据,鼠标胸腺老化,pd.atdschip瓷砖,scMultiome公司,scpdata数据,scRNA序列,sesame数据,SimBenchData(模拟基准数据),单细胞多模式,躯体癌改变,空间LIBD,TransOmicsData公司,肺结核,GeoMx工作流,seqpac公司,cripR设计R,数字DLSorteR,DR.SC公司,驱动器R,EnrichDO公司,genBaR代码,基因2蛋白质组,贮藏室,imc实验,核糖核酸酶R,循环装配(LoopRig),MetAlyzer公司,微生物,摩卡,多媒体,NIPTeR公司,onc预测,等离子体突变检测器,等离子体突变探测器2,休息,里格,rna交叉链接OO,rsolr公司,SC.MEB公司,SCRIP公司,斯克罗什,西尼亚克,空间DDLS,出租车标准,toxpiR公司
建议我 阿尔卑斯核磁共振,生物遗传学,奇哈亚,亲爱的,表雄激素额外,epivizr图表,GeoTcga数据,全局序列,GWA工具,格韦纳,石膏,hca公司,黑手党,马提尼,微生物菌剂工艺,MsQuality(消息质量),MungeSumstats公司,RTCGA公司,sc功能,聚光灯,TFEA。炸薯条,TFutils(TFutils),特拉维兹,可选拼接事件.hg19,可选拼接事件.hg38,BioPlex公司,策划的DipChIP,浓缩脂肪RNA,ObMiTi公司,xcoredata数据,gkmSVM公司,格兰德R,洛尔梅,MARVEL公司,项目经理,聚合RAD,RCPA公司,俄罗斯联邦储备基金,修拉,SNPassoc公司,更新日志,瓦尔
指向我的链接 生物串,CNEr公司,DECIPHER公司,DelayedArray(延迟阵列),基因组比对,基因组范围,HDF5阵列,I范围,烤羊肉串,MatrixRider公司,pwalling(pwallign),Rsamtools软件,rtracklayer公司,S4阵列,ShortRead(短阅读),备用阵列,构造字符串,三联体,变量注释,变量筛选,十六矢量
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 S4矢量_0.42.1.tar.gz
Windows二进制 S4Vectors_0.42.1.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) S4矢量_0.42.1.tgz
macOS二进制(arm64) S4矢量_0.42.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/S4载体
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/S4Vectors
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/S4矢量/
包短Url https://bioconductor.org/packages/S4载体/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档