反应物图4R
反应组图数据库接口
生物导体版本:释放(3.19)
反应组知识中的路径、反应和生物实体被系统地表示为有序网络。实例被表示为节点,实例之间的关系被表示为边;它们都存储在Reactome图形数据库中。此包用作从本地Neo4j数据库查询互连数据的接口,目的是最大限度地减少Neo4j-Cypher查询的使用。
作者:池兰庞[aut,cre],反应体[cph]
维护人员:Chi-Lam Poon<clpoon807,网址:gmail.com>
引文(从R中输入引文(“ReactomeGraph4R”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ReactomeGraph4R”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“反应图4R”)
细节
生物视图 |
数据导入,图形和网络,网络,路径,反应途径,软件 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
Apache许可证(>=2) |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
新4r,实用程序,获得通行证,jsonlite公司,呜呜声,马格里特,数据表,爱尔兰航空公司,反应物内容服务4R,do并行,平行,foreach公司 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/reactome/ReatomeGraph4R |
Bug报告 |
https://github.com/reactome/ReatomeGraph4R/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。