反应物图4R

反应组图数据库接口


生物导体版本:释放(3.19)

反应组知识中的路径、反应和生物实体被系统地表示为有序网络。实例被表示为节点,实例之间的关系被表示为边;它们都存储在Reactome图形数据库中。此包用作从本地Neo4j数据库查询互连数据的接口,目的是最大限度地减少Neo4j-Cypher查询的使用。

作者:池兰庞[aut,cre],反应体[cph]

维护人员:Chi-Lam Poon<clpoon807,网址:gmail.com>

引文(从R中输入引文(“ReactomeGraph4R”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ReactomeGraph4R”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“反应图4R”)
介绍 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,图形和网络,网络,路径,反应途径,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年)
许可证 Apache许可证(>=2)
取决于 R(>=4.1)
进口 新4r,实用程序,获得通行证,jsonlite公司,呜呜声,马格里特,数据表,爱尔兰航空公司,反应物内容服务4R,do并行,平行,foreach公司
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/reactome/ReatomeGraph4R
Bug报告 https://github.com/reactome/ReatomeGraph4R/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 反应图4R_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 反应室图4R_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 反应图4R_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 反应图4R_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGraph4R
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/ReactoromeGraph4R
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RectomeGraph4R(网址:https://code.bioconductor.org/browse/RectomeGraph4R)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/ReactomeGraph4R/
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