Rcis目标
RcisTarget识别富含基因或基因组区域列表的转录因子结合基序
生物导体版本：释放（3.19）
RcisTarget识别基因列表上过度表达的转录因子结合基序（TFBS）。在第一步中，RcisTarget选择在基因集中基因转录起始位点（TSS）周围显著过度表达的DNA模体。这是通过使用包含每个基序的全基因组跨物种排名的数据库来实现的。然后将注释到TF的基序和具有高标准化富集分数（NES）的基序保留下来。最后，对于每个基序和基因集，RcisTarget预测候选目标基因（即基因集中排名高于前沿的基因）。
作者：Sara Aibar、Gert Hulselmans、Stein Aerts。计算生物学实验室。VIB-KU鲁汶脑与疾病研究中心。比利时鲁汶
维护人员：格特·赫尔斯曼（Gert Hulselmans）。位于库鲁文的赫尔斯曼
引文（从R中输入引文（“RcisTarget”）)以下为：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“RcisTarget”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“RcisTarget”）
细节
| 生物视图 |
基因调控,GeneSet扩展,基因目标,Motif注释,软件,转录,转录组学 |
| 版本 |
1.24.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0） |
| 进口 |
AUCell公司(>= 1.1.6),生物遗传学,数据表、图形、，基因组信息Db,基因组范围,箭头（>=2.0.0），数字播放器,易怒的,GSEA基地、方法、，R.utils公司，统计，总结性实验,S4载体，实用程序，动物园 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://scenic.aertslab.org |
| 错误报告 |
https://github.com/aertslab/RcisTarget/issues |
查看更多
| 建议 |
博科生物,仿生风格,生物并行,do并行,DT公司,foreach公司,gplots（gplots）,rtracklayer公司,记录仪,针织物,RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbp仅500bp,市场营销,测试那个,visNetwork（可视网络） |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
doMC（美国国防部长办公室）,doRNG公司 |
| 取决于我 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
