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鲁博蒂2

适用于Bowtie2和AdapterRemoval的R包装


生物导体版本：释放（3.19）

此软件包提供了流行的bowtie2测序读数校准器和适配器拆卸的R包装，这是一个快速适配器修剪、识别和读取合并的方便工具。该软件包包含允许基因组索引和与这些索引对齐的包装器功能。该包还允许通过Rsamtools创建.bam文件。

作者：郑伟[aut，cre]，张伟[aut]

维护人员：郑伟<qq.com>

引文（从R中输入引文（“Rbowtie2”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Rbowtie2”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“Rbowtie2”）
Rbowtie2简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

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细节

生物视图 对齐,预处理,排序,软件
版本 2.10.0
在生物导体中 生物技术3.6（R-3.4）（7年）
许可证 GPL（>=3）
取决于 R（>=4.1.0）
进口 马格里特,Rsamtools软件
系统要求 C++11、GNU制造、samtools
统一资源定位地址
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建议 针织物,测试那个(>= 3.0.0),rmarkdown公司
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导入我 圆形序列对齐Tk,esATAC公司,UMI4猫,MetaScope（元作用域）
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 拉博蒂2_2.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64） 罗布蒂2_2.10.0.tgz
macOS二进制（arm64） 罗布蒂2_2.10.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2
源存储库（开发人员访问） git克隆git@git.bioconductor.org：包/Rbowtie2
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Rbowtie2/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Rbowtie2/
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