月光灯R
从组学数据中识别癌基因和抑癌基因
生物导体版本：释放（3.19）
动机：了解癌症机制需要确定在病理学发展中起作用的基因及其作用特征（尤其是致癌基因和抑癌基因）。结果：我们提出了一个名为MoonlightR的R/生物导体包，该包基于TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动基因列表。该方法首先推断基因调控网络，然后进行功能富集分析（FEA）（实施上游调控分析，URA），以评分已知生物过程对所研究癌症类型的重要性。最终，通过随机森林，MoonlightR预测了候选驱动基因的两个特定作用：i）肿瘤抑制基因（TSG）和ii）致癌基因（OCG）。因此，这种方法不仅识别了发挥双重作用的基因（例如，一种癌症类型中的TSG和另一种癌症类型中的OCG），而且有助于阐明其特定作用背后的生物学过程。特别是，MoonlightR可以用于发现同一癌症类型的OCG和TSG。这可能有助于回答一些基因在乳腺癌早期（I、II）和晚期（III、IV）之间是否改变作用的问题。在未来，这一分析可能有助于确定不同化疗耐药的原因。
作者：安东尼奥·科拉皮科（Antonio Colaprico）[aut]、凯瑟琳娜·奥尔森（Catharina Olsen）[aut）、马修·贝利（Matthew H.Bailey）[au]、加布里埃尔·J·奥多姆（Gabriel J.Odom）[aut]、蒂尔德·特克尔森（Thilde Terkelsen）[aut]，莫娜·努尔巴赫（Mona Nourbakhsh）[aut%），阿斯特里德·萨格尔（Astrid Saksager）[au4]，蒂亚戈·席尔瓦（Tiago C.Silva）[aut_，安德烈·沃尔森（AndréV.Olsen[aut]]，劳拉·坎蒂尼（La，伊莎贝拉·卡斯蒂格利奥尼[aut]、克劳迪娅·卡瓦[aut'、吉安卢卡·邦坦比[aut]]、西·史蒂文·陈[aut】、埃琳娜·帕帕里奥[aut]、马泰奥·蒂贝蒂[cre，aut]
维护人员：马泰奥·蒂贝蒂（Matteo Tiberti）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MoonlightR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“月光”）
细节
| 生物视图 |
DNA甲基化,差异表达式,差异甲基化,基因表达式,基因调控,GeneSet扩展,甲基化阵列,网络,网络丰富,路径,软件,生存 |
| 版本 |
1.30.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=3.5），do并行,foreach公司 |
| 进口 |
帕尔米根,随机森林,摘要实验,gplots（gplots）,绕圈子,R彩色啤酒,HiveR公司,clusterProfiler（群集探查器）,剂量,博科生物,利马，gr设备，图形，TCG生物链,地理查询，统计，RISmed公司，网格，实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ELELAB/MoonlightR |
| 错误报告 |
https://github.com/ELELAB/MoonlightR/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
