月光2R
从组学数据中识别癌基因和抑癌基因
生物导体版本：释放（3.19）
对癌症机制的理解需要识别在病理学发展中起作用的基因及其作用特征（尤其是致癌基因和抑癌基因）。我们提出了一个名为MoonlightR的R/生物导体包的更新版本，即Moonlight 2R，它基于组学数据集成返回特定癌症类型的候选驱动基因列表。Moonlight框架包含一个初级层，在该层中，基因表达数据和有关生物过程的信息集成在一起，以预测称为致癌介质的基因，分为假定的肿瘤抑制因子和假定的致癌基因。这是通过功能富集分析、基因调控网络和上游调控器分析来完成的，以评估已知生物过程对所研究癌症类型的重要性。通过评估致癌介质对生物过程的影响或通过随机森林，初级层预测致癌介质的两种假定作用：i）肿瘤抑制基因（TSG）和ii）致癌基因（OCG）。由于基因表达数据本身不足以解释基因的放松调控，因此需要第二层证据。我们已经通过Moonlight2R中的新功能自动化了二次突变层的整合。这些功能分析癌症队列中的突变，并使用驾驶员突变预测工具CScape体细胞将其分类为驾驶员和乘客突变。那些至少有一个驱动基因突变的致癌介质被保留为驱动基因。因此，这种方法不仅能够识别起双重作用的基因（例如，一种癌症类型中的TSG和另一种癌症中的OCG），而且有助于阐明其特定作用背后的生物过程。特别地，Moonlight2R可用于发现同一癌症类型中的OCG和TSG。例如，这可能有助于回答一些基因是否在早期（I、II）和晚期（III、IV）之间改变作用的问题。在未来，这一分析可能有助于确定不同化疗耐药的原因。
作者：莫娜·努尔巴赫什[aut]、阿斯特里德·萨卡格[aut]]、尼古拉·汤姆[aut'、希·史蒂文·陈[aut4]、安东尼奥·科拉皮科[aut]、凯瑟琳娜·奥尔森[aut2]、马蒂奥·提贝蒂[cre，aut]，埃琳娜·帕帕里奥[autneneneea
维护人员：马泰奥·蒂贝蒂（Matteo Tiberti）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“Moonlight2R”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影（“月光2R”）
细节
| 生物视图 |
DNA甲基化,差异表达式,差异甲基化,基因表达,基因调控,GeneSet扩展,甲基化阵列,网络,网络丰富,路径,软件,生存 |
| 版本 |
1.2.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.18（R-4.3）（0.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.3），do并行,foreach公司 |
| 进口 |
帕尔米根,随机森林,gplots（gplots）,绕圈子,R彩色啤酒,HiveR公司,clusterProfiler（群集探查器）,剂量,博科生物，gr设备，图形，地理查询，统计，呜呜声,RISmed公司，网格，实用程序，复杂热图,基因组范围,数字播放器,模糊连接,rtracklayer公司,马格里特,qpdf格式,阅读器,序列矿工,字符串,易怒的,潮汐热图,第三年,批注中心,easyPubMed公司,组织Hs.eg.db,EpiMix公司,生物遗传学,ggplot2,实验中心 |
| 系统要求 |
C场景体细胞 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ELELAB/Moonlight2R网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/ELELAB/Moonlight2R/issues网站 |
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程序包档案
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