LR电池
使用Logistic/线性回归进行差异细胞类型变化分析
生物导体版本：释放（3.19）
LRcell的目标是识别特定的亚细胞类型，这些亚细胞类型驱动在大量RNA-seq差异基因表达实验中观察到的变化。为了实现这一点，LRcell利用从单细胞RNA-sequencing（scRNA-seq）获得的一组细胞标记基因作为感兴趣组织中各种细胞类型的指标。接下来，对于每种细胞类型，我们使用其标记基因作为指标，对具有差异表达p值的整套基因应用Logistic回归，以计算细胞类型显著性p值。最后，将这些p值进行比较，以预测哪一个可能是在批量RNA-seq实验中观察到的差异基因表达模式的原因。LRcell受到Sartor等人开发的LRpath[@sartor2009lrpath]算法的启发，该算法最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要组成部分：LRcell分析、图位生成和标记基因选择。此软件包中的所有模块都是用R编写的。此软件包还提供了前额叶皮层（pFC）人脑区域、人PBMC和九个小鼠脑区域（前额叶皮质、小脑、苍白球、海马、内胚层、后皮质、纹状体、黑质和丘脑）的标记基因。
作者：马文静[cre，aut]
维护人员：马文静（Wenjing Ma）<Wenjing.Ma at emory.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“LRcell”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,回归,排序,单个单元格,软件 |
| 版本 |
1.12.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.13（R-4.1）（3.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.1），实验中心,批注中心 |
| 进口 |
生物并行,数字播放器,ggplot2,gg排斥,马格里特，统计，实用程序 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| 错误报告 |
https://github.com/marvinquiet/LRcell/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
