IsoBayes公司
IsoBayes：基于贝叶斯分析的单一异构蛋白推断方法
生物导体版本：释放（3.19）
IsoBayes是一种对单个蛋白质亚型进行推断的贝叶斯方法。我们的方法推断蛋白质亚型的存在/缺失，并估计其丰度；此外，它通过以下方法提供了这些估计的不确定性度量：i）样本中存在蛋白质亚型的后验概率；ii）丰度的后部可信区间。IsoBayes输入液相色谱质谱（MS）数据，可以同时处理PSM计数和强度。如果可用，还将纳入trascript亚型丰度（即TPM）：TPM用于制定相应蛋白质亚型相对丰度的信息优先。我们进一步确定蛋白质和转录物相对丰度显著不同的亚型。我们使用两层潜在变量方法来建模MS数据的两个典型不确定性来源：i）肽可能被错误检测（即使没有）；ii）许多肽与多种蛋白质异构体相容。在第一层中，我们根据错误检测的估计概率（也称为PEP，即后验错误概率）对每个肽的存在/缺失进行采样。在第二层，对于估计存在的肽，我们将其丰度分配到它们映射到的蛋白质亚型。这两个步骤允许我们恢复每个蛋白质亚型的存在和丰度。
作者：Jordy Bollon[aut]、Simone Tiberi[aut、cre]
维护人员：西蒙·提贝里（Simone Tiberi）
引文（从R中输入引文（“IsoBayes”）)以下为：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“IsoBayes”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
交替拼接,贝叶斯主义者,基因表达式,遗传学,质谱法,蛋白质组学,RNA序列,排序,软件,统计方法,可视化 |
| 版本 |
1.2.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.18（R-4.3）（0.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
方法，卢比,数据表,胶，统计，do并行，平行，doRNG公司,foreach公司,迭代器,ggplot2,HD间隔,总结性实验,S4载体 |
| 系统要求 |
C++17 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/SimoneTiberi/IsoBayes |
| 错误报告 |
https://github.com/SimoneTiberi/IsoBayes/issues网站 |
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程序包档案
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