IgGene使用
免疫储备中的差异基因使用
生物导体版本：释放（3.19）
检测免疫球蛋白（Ig）基因使用中的偏差是免疫储备谱分析中的一项重要任务。IgGeneUsage使用概率模型检测生物条件之间的异常Ig基因使用，该概率模型通过贝叶斯推理进行计算分析。使用此IgGeneUsage还可以避免与当前空假设显著性测试实践相关的一些常见问题。
作者：西蒙·基塔诺夫斯基[aut，cre]
维护人员：西蒙·基塔诺夫斯基（Simo Kitanovski）
引文（从R中输入引文（“IgGeneUsage”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“IgGeneUsage”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“IgGeneUsage”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯,生物医学信息学,差异表达式,遗传学,免疫肿瘤学,数学生物学,回归,软件 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.10（R-3.6）（5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
方法，重塑2(>= 1.4.3),卢比(>= 0.12.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),rstan公司(>= 2.18.1),甾醇(>= 2.2.0),总结性实验,第三年 |
| 系统要求 |
GNU品牌 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/snaketron/IgGeneUsage网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/snaketron/IgGeneUsage/issues |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 2.1.0),ggplot2,gg力,gg排斥,拼凑 |
| 链接到 |
伯克希尔哈撒韦(>= 1.66.0),卢比(>= 0.12.0),RcppEigen基因(>= 0.3.3.3.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),rstan公司(>= 2.18.1),StanHeaders公司(>= 2.18.0) |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
