HicAggR公司
一套3D基因组相互作用分析工具
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包提供了一组用于分析3D基因组相互作用的功能。它包括将标准HiC数据格式导入R和HiC标准化程序。该软件包的主要目标是通过聚合改进HiC接触分析的可视化和量化。该软件包允许导入1D基因组数据，例如来自ATACSeq和ChIPSeq的峰值，以在用户定义的参数下创建感兴趣特征之间的潜在配对，例如感兴趣特征对之间的距离。然后，它可以从这些对的HiC数据中提取接触值，并执行聚合峰值分析（APA）以进行可视化，还可以比较条件之间的标准化接触值。总的来说，该软件包允许将1D基因组数据与3D基因组数据集成，从而方便访问HiC接触值。
作者：罗伯·特斯法耶[aut，ctb]
、大卫·德皮埃尔[aut]、内奥米·席克尔[ctb]、尼古拉斯·夏纳德[aut'、雷夫卡·阿斯克里[ctb'、斯特凡娜·沙克[aut，ctb]，帕斯卡尔·马丁[ctb].奥利维尔·库维尔[cre，ctb]
维护人员：Olivier Cuvier<univ-tlse3.fr>上的Olivier.Cuvier
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“HicAggR”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“HicAggR”）
细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,ChIPSeq公司,DNA3D结构,DNA序列,数据导入,数据表示,HiC公司,规范化,RNA序列,软件,可视化 |
| 版本 |
1.0.2 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
交互集,生物遗传学,生物并行,数字播放器,基因组信息Db,基因组范围,ggplot2，gr设备，I范围,矩阵、方法、，rhdf5型,爱尔兰航空公司,rtracklayer公司,S4载体，统计，实用程序，吸管,易怒的,字符串,第三年,额外网格,数据表,重塑,将死,呜呜声,用r |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/HicAggR https://cuvierlab.github.io/HicAggR/ https://github.com/CuvierLab/HicAggR |
| 错误报告 |
https://github.com/CuvierLab/HicAggR/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
