HiC比较

HiCcompare：多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析

生物导体版本：释放（3.19）

HiCcompare提供了在多个Hi-C数据集中进行联合归一化和差异检测的功能。HiCcompare以染色体特异染色质相互作用矩阵的形式对处理过的Hi-C数据进行操作。它接受三列标签分隔的文本文件，以稀疏矩阵格式存储染色质相互作用矩阵，可从多个来源获得。HiCcompare旨在使用户能够对处于不同生物状态的细胞基因组的三维结构进行比较分析`HiCcompare与其他试图比较Hi-C数据的软件包不同，它处理的是染色质相互作用矩阵格式的处理数据，而不是预处理的测序数据。此外，“HiCcompare”提供了一种非参数方法，用于联合归一化和消除两个Hi-C数据集之间的偏差，以进行比较分析`HiCcompare还提供了一种简单而稳健的方法来检测Hi-C数据集之间的差异。

作者：米哈伊尔·多兹莫罗夫[aut，cre]，凯伦·克雷斯韦尔[aut]，约翰·斯坦斯菲尔德[aut]

维护人员：米哈伊尔·多兹莫罗夫（Mikhail Dozmorov）

引文（从R中输入引文（“HiCcompare”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“HiCcompare”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“HiCcompare”）

HiCcompare使用小品	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	HiC公司,规范化,排序,软件
版本	1.26.0
在生物导体中	生物技术3.6（R-3.4）（6.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.5.0），dplyr
进口	数据表，ggplot2，gridExtra，mgcv，stats，交互集,基因组范围,I范围,S4矢量,BiocParallel公司、KernSmooth、methods、utils、graphics、pheatmap、gtools、，rhdf5型
系统要求
网址	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare网站
错误报告	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare/issues

建议	knitr、rmarkdown、test、，多HiC比较
链接到
增强功能
取决于我
导入我	多HiC比较,光谱TAD,TAD比较
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	HiC比较_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	HiCcompare_1.26.0.zip
macOS二进制（x86_64）	高公司_1.26.0.tgz
macOS二进制（arm64）	HiCcompare_1.26.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/HiCcompare
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCcompare网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/HiCcompare网站/
软件包下载报告	下载统计信息