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和谐(HarmonizR)

处理缺少的值并提供更多数据


生物导体版本:释放(3.19)

一种实现,它接受输入数据,并使其可用于ComBat或Limma正确删除批处理效果。该实现通过将输入矩阵分解为较小的矩阵来适当地处理缺少的值,这些矩阵具有足够的数据来为ComBat或limma算法提供数据。调整后的数据以重建矩阵的形式返回给用户。该实现旨在以最小的数据丢失使尽可能多的数据可用。

作者:西蒙·斯伦博姆[aut,cre],朱莉娅·纽曼[aut],菲利普·纽曼[aut]

维护人员:西蒙·斯伦博姆(Simon Schlumbehm)

引文(从R中输入引文(“HarmonizR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“HarmonizR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“HarmonizR”)
HarmonizR_签名 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),软件
版本 1.2.0
在生物导体中 生物柴油3.18(R-4.3)(0.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.2.0)
进口 do并行(>= 1.0.16),foreach公司(>= 1.5.1),看门人(>= 2.1.0),普利尔(>= 1.8.6),特别行政区(>= 3.36.0),系列化(>= 1.3.5),利马(>= 3.46.0),摘要实验
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 和谐R_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 HarmonizR_1.2.0.zip系列
macOS二进制(x86_64) 协调_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) 谐波R_1.2.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harmonir公司
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/协调器
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/HarmonizR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/HarmonizR/
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