Gviz公司
沿着基因组坐标绘制数据和注释信息
生物导体版本：释放（3.19）
基因组数据分析需要对已知基因组信息和新的实验数据进行综合可视化。Gviz使用biomRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询，并将其翻译为例如网格图形包的视口中的基因/转录物结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。
作者：Florian Hahne[aut]、Steffen Durinck[aut'、Robert Ivanek[aut、cre]
、阿恩·穆勒[aut]、史蒂夫·利安诺格鲁[aut'、格·坦[aut][、兰斯·帕森斯[aut[、Shraddha Pai[aut4]、托马斯·麦卡锡[ctb]、费利克斯·恩斯特[ctb][、迈克·史密斯[ctb]
维护人员：unibas.ch>的Robert Ivanek
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Gviz”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“Gviz”）
细节
| 生物视图 |
微阵列,排序,软件,可视化 |
| 版本 |
1.48.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术2.10（R-2.15）（12.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.3），方法，S4载体(>= 0.9.25),I范围(>= 1.99.18),基因组范围（>=1.17.20），网格 |
| 进口 |
十六矢量(>= 0.5.7),无线电跟踪器(>= 1.25.13),晶格,R彩色啤酒,生物电阻(>= 2.11.0),注释Dbi(>= 1.27.5),博科生物(>= 2.15.3),基因组特征(>= 1.17.22),集成数据库(>= 2.11.3),牛基因组(>= 1.33.1),生物串(>= 2.33.11),biovizBase公司(>= 1.13.8),Rsamtools软件(>= 1.17.28),额外晶格(>= 0.6-26),矩阵统计(>= 0.8.14),基因组比对(>= 1.1.16),基因组信息Db(>= 1.1.3),生物遗传学(>= 0.11.3),消化（>=0.6.8），图形，grDevices，stats，utils |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ivanek/Gviz |
| 错误报告 |
https://github.com/ivanek/Gviz/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,xml语言2,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
生物病毒RCNS,奇姆拉维兹,西塞罗,cummeRbund公司,Pviz公司,甲基化阵列分析,rnaseq基因，csawBook |
| 导入我 |
过敏性失衡,ASpli公司,CAGEfightR公司,comapr公司,crisprViz公司,DMR类别,ELMER公司,表观突变子,基因组相互作用,微波激射器,mCSEA公司,用餐,甲基管,motifbreakR图案,OGRE公司,发出砰的声响,基本TSS,regutools公司,RNAmodR（无线电导航修改器）,RNAmodR（导航修正）。碱性系列,RNAmodR（导航修正）。RiboMethSeq（RiboMeth序列）,SPLINTER公司,斯纳迪夫,塔达尔,轨迹查看器,电视广播公司,取消覆盖库,变量筛选,DMR分类数据 |
| 建议我 |
annmap（自动地图）,绑定SiteFinder,细胞基R,中国能源研究院,CNV愤怒,集成数据库,额外ChIP,鱼塘,基因组范围,格瓦斯卡,交互式显示,InterMineR公司,MIRit公司,pqs指示器,QuasR公司,Rn珠子,分段器,拼接图,TFutils（TFutils）,单一.mTEC。转录组,CAGE工作流,芯片序列数据库,弯道,RTIGER公司 |
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程序包档案
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