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基因组超级签名

通过与公共数据库进行可靠、有效的比较来解释RNA-seq实验


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包提供了一种新的方法,通过与公共档案的近瞬时比较来解释新的转录组数据集,而无需高性能计算要求。通过预先计算的索引,用户可以识别与其数据集相关的公共资源,如基因集、MeSH术语和出版物。此包中实现了识别可解释注释和直观可视化选项的功能。

作者:Sehyun Oh[aut,cre],Levi Waldron[aut],Sean Davis[aut'

维护人员:Sehyun Oh<gmail.com上的shbrief>

引文(从R中输入引文(“GenomicSuperSignature”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GenomicSuperSignature”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“基因组超级签名”)
RAV模型简介 HTML格式 R脚本
快速启动 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 群集,路径,主要组件,RNA序列,排序,软件,系统生物学,转录组学
版本 1.12.0
在生物导体中 生物化学3.13(R-4.1)(3年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1.0),总结性实验
进口 复杂热图,ggplot2、方法、,S4载体,博科生物,ggpubr公司,数字播放器,巧妙地,生物文件缓存,网格,可弯曲的,厄尔巴
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/shbrief/Genomic超级签名
错误报告 https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基因组超级签名_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 基因组超级签名_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) 基因组超级签名_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) 基因组超级签名_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature(基因组超级签名)
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/GenomicSuperSignature
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Genomic超级签名/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature(基因组超级签名)/
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