GWENA公司
用于增强共表达分析的管道
生物导体版本:释放(3.19)
高通量测序的发展导致更多地使用共表达分析来超越单一特征(即基因)焦点。我们提出了GWENA(Gene Whole co-Expression Network Analysis),这是一种用于执行基因共表达网络分析并在单个管道中探索结果的工具。它包括共表达基因模块的功能丰富、表型关联、拓扑分析和条件间网络配置的比较。
作者:格温娜·莱莫恩[aut,cre]
、玛丽·皮尔·斯科特·博伊尔(Marie-Pier Scott-Boyer[ths])、阿诺德·德罗伊特(Arnaud Droit[fnd])
维护人员:格温娜·莱莫恩
安装
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if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“GWENA”)
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文档
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浏览幻影(“GWENA”)
细节
生物视图 |
群集,GO(开始),基因表达,GeneSet扩展,图形和网络,微阵列,网络,网络丰富,路径,RNA序列,排序,软件,转录组学,可视化,信使核糖核酸微阵列 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
WGCNA公司(>= 1.67),数字播放器(>= 0.8.3),动态树剪切(>= 1.63-1),ggplot2(>= 3.1.1),g配置文件2(>= 0.1.6),马格里特(>= 1.5),易怒的(>= 2.1.1),第三年(>= 1.0.0),网络代表(>= 1.2.1),记录仪(>= 1.2.4.1),R彩色啤酒(>= 1.1-2),呜呜声(>= 0.3.3),rlist公司(>= 0.4.6.1),矩阵统计(>= 0.55.0),总结性实验(>= 1.14.1),字符串(>= 1.4.0),集群(>=2.1.0),grDevices(>=4.0.4),方法,图形,统计,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/Kumquatum/GWENA/issues网站 |
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程序包档案
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