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GWA工具

全基因组关联研究工具


生物导体版本:释放(3.19)

用于存储超大GWAS数据集和注释的类,以及用于GWAS数据清理和分析的函数。

作者:Stephanie M.Gogarten[aut]、Cathy Laurie[aut]、Tushar Bhangale[aut'、Matthew P.Conomos[aut]]、Cecelia Laurie[aut],Michael Lawrence[aut〕、Caitlin McHugh[aut】、Ian Painter[aut4]、Xiuwen Zheng[autneneneea、Jess Shen[aut]、Rohit Swarnkar[aut2]、Adrienne Stilp[aut;、Sarah Nelson[autneneneei]、David Levine[auc]、Sonali Kumari[ctb](将小插曲从Swave转换为RMarkdown/HTML。),Stephanie M.Gogarten[cre]

维护人员:斯蒂芬妮·戈加滕(Stephanie M.Gogarten)

引文(从R中输入引文(“GWASTools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“GWASTools”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“GWA工具”)
GWASTools中的数据格式 PDF格式 R脚本
GWAS数据清理 PDF格式 R脚本
准备Affymetrix数据 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 遗传变异性,微阵列,质量控制,SNP公司,软件
版本 1.50.0
在生物导体中 生物碳2.9(R-2.14)(12.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 博科生物
进口 图形、统计、实用程序、方法、,gdsfmt公司,数据库接口,RSQ网站,GWASExactHW公司,DNA副本,生存,三明治,lmtest测试,后勤人员,量子平滑,数据表
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/smgogarten/GWA工具
查看更多
建议 ncdf4型,GWAS数据,生物遗传学,RUnit(运行单位),生物管柱,基因组范围,I范围,SNP关联,snpStats(snpStat),S4载体,变量注释,平行,仿生风格,针织物
链接到
增强功能
取决于我 百万BPCR,GWAS数据,窃听
导入我 起源,gwasurvr公司
建议我 podkat公司
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 GWA工具_1.50.0.tar.gz
Windows二进制 GWA工具_1.50.0.zip
macOS二进制(x86_64) GWA工具_1.50.0.tgz
macOS二进制(arm64) GWA工具_1.50.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWAS工具
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/GWATools
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GWASTools网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/GWAS工具/
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