GSEA采矿
基因集富集分析输出的生物学意义
生物导体版本：释放（3.19）
基因集富集分析是一种非常强大且有趣的计算方法，可以方便地将差异表达基因与生物过程进行关联。不幸的是，尽管它是为了帮助研究人员解释基因表达数据而设计的，但它可以产生大量的结果，其生物学意义可能难以解释。许多可用的工具都依赖于分层结构的基因本体（GO）分类来减少结果的重复性。然而，由于GSEA的普及，更多的基因集集合正在涌现，例如分子特征数据库中的那些。由于这些集合不是像GO中的集合那样组织的，因此它们在GSEA中的使用并不总是给出一个简单的答案，换句话说，使用当前可用的工具获取所有有意义的信息可能是一项挑战。由于这些原因，GSEAmining天生就是一个创建可复制报告的简单工具，以帮助研究人员从生物学角度理解GSEA输出。根据GSEA的结果，GSEA挖掘基于前缘（核心）子集中相同基因的存在对不同的基因集集合进行聚类。前沿子集是那些对每个基因集合或基因集的富集分数贡献最大的基因。由于这个原因，参与类似生物过程的基因集应该共享共同的基因，并反过来聚集在一起。之后，GSEAmining能够识别并表示每个簇：-基因集名称中最丰富的术语（如词云）-前缘子集中最富集的基因（如条形图）。在每种情况下，阳性和阴性浓缩物都以不同的颜色显示，因此很容易区分该特定研究中可能感兴趣的生物过程或基因。
作者：Oriol Arqués[aut，cre]
维护人员：Oriol Arqués<gmail.com上的Oriol.arques>
引文（从R中输入引文（“GSEAmining”）)以下为：
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“GSEAmining”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览渐晕图（“GSEAmining”）
细节
| 生物视图 |
群集,GeneSet扩展,软件,可视化 |
| 版本 |
1.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
GPL-3|文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0） |
| 进口 |
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| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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