GEOfastq公司

通过GEO访问下载ENA Fastqs

生物导体版本：释放（3.19）

GEOfastq用于从欧洲核苷酸档案（ENA）下载fastq文件，从基因表达总览（GEO）开始。为此，从GEO和序列读取档案（SRA）检索样本元数据。然后使用SRA运行访问为ENA生成的fastq文件构建FTP和aspera下载链接。

作者：亚历克斯·皮克林

维护人员：亚历克斯·皮克林（Alex Pickering）

引文（从R中输入引文（“GEOfastq”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“GEOfastq”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“GEOfastq”）

生物视图	数据导入,RNA序列,软件
版本	1.12.0
自	生物柴油3.13（R-4.1）（3.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于
进口	xml语言2,服务器,字符串,RCurl（RCurl）,doParallel（并行）,前臂,普利尔
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/alexvpickering/GEOfastq/issues网站

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	地理快速q_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GEOfastq_1.12.0.zip公司（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	GEOfastq_1.12.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	GEOfastq_1.12.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOfastq网址
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/GEOfastq
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GEOfastq网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/GEOfastq网站/
软件包下载报告	下载统计信息