GDCRN工具
GDCRNATools：用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据综合分析的R/Bioconductor包
生物导体版本：释放（3.19）
这是一个易于使用的软件包，用于下载、组织和综合分析GDC中的RNA表达数据，重点是破译癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。三个lncRNA-miRNA相互作用数据库，包括海绵扫描、星基和miRcode，以及三个mRNA-miRNA相互作用数据库（包括miRTarBase、星基、miRcode），都被纳入ceRNAs网络构建包中。limma、edgeR和DESeq2可用于识别差异表达基因/miRNAs。可以基于clusterProfiler和DO包执行功能丰富分析，包括GO、KEGG和DO。该软件包中可以实现多基因的单变量CoxPH和KM生存分析。除了一些常规的可视化功能，如火山图、条形图和KM图外，还开发了一些简单的闪亮应用程序，以便于在本地网页上显示结果。
作者：李瑞东、韩曲、王世波、魏巨龙、张乐、马仁元、陆建明、朱建国、魏德忠、贾振宇
维护人员：李瑞东（Ruidong Li）<rli012（ucr.edu>），汉曲（Han Qu）<hqu002（ucr.edu>）
引文（从R中输入引文（“GDCRNATools”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“GDCRNATools”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
差异表达式,GO（开始）,基因表达式,基因调控,GeneSet扩展,基因目标,免疫肿瘤学,KEGG公司,网络,网络丰富,网络推理,RNA序列,软件,生存,可视化 |
| 版本 |
1.24.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.7（R-3.5）（6.5岁） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0） |
| 进口 |
闪亮的,jsonlite公司,罗杰森,XML格式,利马,边缘R,DESeq2公司,clusterProfiler（群集探查器）,剂量,组织Hs.eg.db,生物电阻,生存,侦察机,路径视图,ggplot2,gplots（gplots）,DT公司,基因组数据共享,生物并行 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
