火焰
FLAMES：长读RNA-seq数据中突变和剪接的全长分析
生物导体版本：释放（3.19）
半监督异构体检测和注释，从大量和单细胞长期读取的RNA-seq数据。Flames提供了分析异构体的自动化管道，以及手动执行的中间功能。
作者：田路毅[aut]、王长庆[aut，cre]、尤佩尤[aut'、奥利弗·沃格德[aut]、雅各布·舒斯特[aut][Shian Su[aut〕、马修·里奇[ctb]
维护人员：王长庆（Wang.ch at wehi.edu.au>）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“火焰”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
交替拼接,数据导入,差速器拼接,基因表达式,LongRead（长阅读）,RNA序列,单个单元格,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
R（>=4.1.0） |
| 进口 |
蛇怪,班布,生物串,生物遗传学,绕圈子,复杂热图,奶牛场,数字播放器,DropletUtils公司,基因组范围,基因组特征,txdb制造商,基因组比对,基因组信息Db,ggplot2,ggbio公司，网格，额外网格,记录仪,jsonlite公司,马格里特,矩阵，平行，网状的,Rsamtools软件,rtracklayer公司,R彩色啤酒,单细胞实验,总结性实验,散射,S4载体,舷窗，统计，尖叫声,字符串,多重分析实验,第三年，实用程序，用r,zlibbico公司,未来、方法、，易怒的,潮汐选择,I范围 |
| 系统要求 |
GNU品牌、C++17、samtools（>=1.19）、minimap2（>=2.17） |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/OliverVoogd/FLAMES网站 |
| Bug报告 |
https://github.com/mritchielab/FLAMES/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
txdb制造商,仿生风格,地理查询,针织物,rmarkdown公司,降价,生物文件缓存,R.utils公司,短读,超高速,测试那个(>= 3.0.0),xml语言2 |
| 链接到 |
卢比,Rhtslib公司,zlibbico公司,测试那个 |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
