强化火山

具有增强颜色和标签的出版物现成火山图


生物导体版本:释放(3.19)

火山图是可视化差异表达分析结果的有用方法。在这里,我们提供了一个高度可配置的功能,它可以生成可发布的火山图。EnhancedVolcano将尝试在绘图窗口中放置尽可能多的点标签,从而避免用无法读取的标签“堵塞”绘图。其他功能允许用户通过颜色、形状、大小和阴影参数配置,在同一绘图空间中识别多达4种不同类型的属性。

作者:Kevin Blighe[aut,cre],Sharmila Rana[aut],Emir Turkes[ctb],Benjamin Ostendorf[ctb],Andrea Grioni[ctb]Myles Lewis[aut]

维护人员:凯文·布利赫(Kevin Blighe)<Kevin at clinicalbioinformatics.co.uk>

引文(从R中输入引文(“增强火山”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“EnhancedVolcano”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“增强火山”)
可供出版的火山图,具有增强的色彩和标签 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,软件,转录
版本 1.22.0
在生物导体中 生物C 3.8(R-3.5)(6年)
许可证 GPL-3公司
取决于 ggplot2,gg排斥
进口 方法
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano
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建议 蛋黄,ggrastr公司,RUnit(运行单位),生物遗传学,针织物,DESeq2公司,帕西拉,气道,组织Hs.eg.db,额外网格,马格里特,rmarkdown公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 增强火山_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 增强型Volcano_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64) 增强火山_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64) 增强火山_1.22.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnhancedVolcano
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EnhancedVolcano
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/EnhancedVolcano/
包短Url https://bioconductor.org/packages/EnhancedVolcano/
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