差异调节
来自scRNA-seq数据的不同调节基因
生物导体版本：释放（3.19）
Differential Regulation是一种检测两组样本（例如，健康样本与疾病样本，或治疗样本与未治疗样本）之间差异调节基因的方法，它针对从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中获得的剪接和未剪接mRNA丰度平衡中的差异。从数学角度来看，差异监管解释了样本间的可变性，并将多个样本嵌入到贝叶斯层次模型中。此外，我们的方法还处理了映射不确定性的两个主要来源：i）“模糊”读取，与基因的拼接和非拼接版本兼容，以及ii）读取到多个基因的映射。特别是，歧义读取与拼接和非拼接读取分开处理，而与多个基因兼容的读取被分配给源基因。通过马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）技术（Metropolis-within-Gibbs）推断参数。
作者：西蒙·提贝里[aut，cre]
夏洛特·索内森
维护人员：西蒙·提贝里<Simone.Tiberi在unibo.it>
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“差异调节”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,差异表达式,差分拼接,基因表达式,基因目标,遗传学,多重比较,RNA序列,排序,单个单元格,软件,统计方法,转录,可视化 |
| 版本 |
2.2.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
方法，卢比,doRNG公司,MASS（质量）,数据表,do并行，平行，foreach公司，统计，银行,矩阵,单细胞实验,摘要实验,ggplot2,tximport（最大端口）,额外网格 |
| 系统要求 |
C++17 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation/issues网站 |
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程序包档案
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