D单个
DEsingle用于检测单细胞RNA-seq数据中的三种差异表达
生物导体版本：释放（3.19）
DEsingle是一个R包，用于单细胞RNA-seq数据的差异表达（DE）分析。它定义并检测两组单个细胞之间的3种差异表达基因，即不同表达状态（DEs）、差异表达丰度（DEa）和一般差异表达（DEg）。DEsingle采用零膨胀负二项式模型来估计实数和缺失零的比例，并定义和检测3种类型的DE基因。结果表明，DEsingle优于现有的scRNA-seq DE分析方法，可以揭示富含不同生物功能的不同类型的DE基因。
作者：Zun Miao在清华网访问
维护人员：Zun Miao在清华网访问
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DEsingle”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“DEsingle”）
细节
| 生物视图 |
差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,预处理,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.24.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=3.4.0） |
| 进口 |
统计数据，矩阵(>= 1.2-14),MASS（质量）(>= 7.3-45),VGAM公司(>= 1.0-2),bbmle公司(>= 1.0.18),形状的广义可加模型(>= 4.4-0),最大Lik(>= 1.3-4),pscl公司(>= 1.4.9),生物并行(>= 1.12.0) |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://miaozhun.github.io/DEsingle网站/ |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
