环境保护部
蛋白质组数据的差异富集分析
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包提供了一个集成的分析工作流，用于对差异蛋白质表达或差异富集的质谱蛋白质组数据进行稳健和可重复的分析。它需要由原始质谱数据定量分析软件生成的表格输入（例如txt文件），如MaxQuant或IsobarQuant。提供了数据准备、过滤、方差归一化和缺失值插补功能，以及差异富集/表达蛋白质的统计测试。它还包括用于检查工作流中的中间步骤的工具，例如归一化和缺失值插补。最后，提供了可视化工具来探索结果，包括热图、火山图和条形图表示。对于在R方面经验有限的科学家，该软件包还包含包装器功能，这些功能需要完整的分析工作流并生成报告。更容易使用的是该软件包提供的交互式Shiny应用程序。
作者：阿恩·斯密茨[cre，aut]，沃尔夫冈·胡贝尔[aut]
维护人员：阿恩·斯密茨（Arne Smits）<Smits.Arne at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DEP”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“DEP”）
细节
| 生物视图 |
数据表示,差异表达式,免疫肿瘤学,质谱学,蛋白质组学,软件 |
| 版本 |
1.26.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（6.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5） |
| 进口 |
ggplot2,数字播放器,呜呜声,阅读器,易怒的,第三年,总结性实验(>= 1.11.5),M数据库,利马,vsn（vsn）,氟多醇,gg排斥,复杂热图,R彩色啤酒,绕圈子,闪亮的,闪亮的仪表板,DT公司,rmarkdown公司,断言,额外网格，网格，统计，插补LCMD,集群 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
|
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
