DEG报告
DEG分析报告
生物导体版本:释放(3.19)
创建现成的共享数字,用于计数数据的差异表达式分析。它集成了DESeq2和edgeR vignettes中提到的一些代码,并根据每个选定基因的折叠变化平均值和变异性报告基因的排名列表。
作者:洛雷娜·潘塔诺[aut,cre],约翰·哈钦森[ctb],维克多·巴雷拉[ctb].玛丽·派珀[ctb4],拉迪卡·赫塔尼[ctb2],肯尼思日报[ctb],丹妮·马莱·佩鲁马尔[ctb].罗里·基什内尔[ctb〕,迈克尔·斯坦伯格[ctb',伊沃·泽勒[ctb]
维护人员:洛雷娜·潘塔诺(Lorena Pantano)<Lorena.Pantano at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“DEGreport”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“DEGreport”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“DEG报告”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,报告写作,软件,可视化 |
版本 |
1.40.1 |
在生物导体中 |
生物技术3.0(R-3.1)(10年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0.0) |
进口 |
实用程序、方法、,博科生物,生物遗传学,扫帚,绕圈子,复杂热图,奶牛场,ConsensusClusterPlus协议,集群,右旋糖,设计2,数字播放器,边缘R,ggplot2,ggdendro公司,网格,gg排斥,gr设备,针织物,登录中,马格里特,心理,R彩色啤酒,重塑,拉朗,规模,统计,字符串,斯特林吉,S4载体,总结性实验,第三年,易怒的 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
http://lpantano.github.io/DEGreport/ |
错误报告 |
https://github.com/lpantano/DEGreport/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。