ChIP寻求者
用于ChIP峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包实现了检索峰值附近最近的基因、注释峰值的基因组区域、估计ChIP峰值数据集之间重叠重要性的统计方法以及合并GEO数据库以供用户将自己的数据集与数据库中存储的数据集进行比较的功能。比较可以用于推断合作监管，因此可以用于生成假设。实现了几个可视化功能，以总结峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均轮廓和热图、基因组注释、到TSS的距离以及峰或基因的重叠。
作者：余光创[aut，cre]
，李明[ctb]，王倩雯[ctb].云燕[ctb]，埃尔维·帕吉斯[ctb
维护人员：Guanghuang Yu（广创语）
引文（从R中输入引文（“ChIPseeker”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“ChIPseeker”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“ChIPseeker”）
细节
| 生物视图 |
注释,ChIPSeq公司,多重比较,软件,可视化 |
| 版本 |
1.40.0 |
| 在生物导体中 |
生物化学2.14（R-3.1）（10.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0） |
| 进口 |
注释Dbi,生物遗传学,靴子,浓缩图,I范围,基因组信息Db,基因组范围,基因组特征,ggplot2,gplots（gplots）、图形、grDevices、，gtools公司、方法、，倍体,数字播放器，平行，马格里特,rtracklayer公司,S4载体，统计，TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因，实用程序，大量,尤拉布·乌利斯,易怒的 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://onlinelibrary.wiley.com/share/author/GYJGUBYCTRMYJFN2JFZZ？target=10.1002/cpz1.585 |
| Bug报告 |
https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
clusterProfiler（群集探查器）,吉马格,ggplotify（图形化）,gg翻转,ggVenn图,反应omePA,组织Hs.eg.db,针织物,rmarkdown公司,测试那个,美女医生 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
esATAC公司,分段器,seqArchRplus系列,TCGA工作流,cinaR公司 |
| 建议我 |
GRaNIE公司,策划AdipoChIP |
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生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
