CaMutQC(计算机辅助质量控制)

癌症体细胞突变综合筛选的R包


生物导体版本:释放(3.19)

CaMutQC能够过滤由于技术问题而产生的假阳性突变,并通过一系列结构良好的功能用各种标记标记突变来选择候选癌症突变。完成整个过滤或选择部分后,将提供详细而生动的过滤报告。此外,CaMutQC集成了多种方法和基因面板,用于估算肿瘤突变负荷(TMB)。

作者:王欣[aut,cre]

维护人员:王欣(Xin Wang)<sylviawang555 at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“CaMutQC”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CaMutQC”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“CaMutQC”)
手动 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 基因靶点,质量控制,软件
版本 1.0.0
在生物导体中 生物C 3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0)
进口 ggplot2,数字播放器,组织Hs.eg.db,真空断路器,clusterProfiler(群集探查器),字符串,DT公司,MesKit(网格工具包),黑手党,数据表,utils,stats,方法,第三年
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/likelet/CaMutQC
错误报告 https://github.com/likelet/CaMutQC/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 CaMutQC_1.0.0.tar.gz公司
Windows二进制 CaMutQC_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) CaMutQC_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) CaMutQC_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CaMutQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/CaMutQC
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CaMutQC/
包短Url https://bioconductor.org/packages/CaMutQC/
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