CNV计量

副本编号变量度量

生物导体版本：释放（3.19）

CNVMetrics软件包计算相似性度量，以便于样本和/或方法之间的拷贝数变化比较。相似性度量可用于比较基因无关样本以及具有共同基因背景的样本的CNV谱。一些指标基于共享的放大/删除区域，而其他指标则依赖于放大/删除级别。用作输入的数据类型是一个纯文本文件，其中包含拷贝数变化的基因组位置以及状态和/或log2比率值。最后，提供了一个可视化工具来探索结果度量。

作者：Astrid Deschánes[aut，cre]，帕斯卡·贝劳[aut]，David A.Tuveson[aut]，亚历山大·克拉斯尼茨

维护人员：Astrid Deschênes＜hotmail.com上的adeschen＞

引文（从R中输入引文（“CNVMetrics”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“CNVMetrics”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“CNVMetrics”）

复制编号变量指标	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	生物学问题,副本编号变化,软件
版本	1.8.0
在生物导体中	生物柴油3.15（R-4.2）（2.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.0）
进口	基因组范围,I范围,S4载体,生物并行、方法、，马格里特，统计，情势图,额外网格，gr设备，rBeta2009年
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetrics网站 https://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics网站/
Bug报告	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetrics/issues网站

建议	生物风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	CNV指标_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CNVMetrics_1.8.0.zip公司（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	CNV度量_1.8.0.tgz
macOS二进制（arm64）	CNV指标_1.8.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVMetrics网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/CNVMetrics
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVMetrics网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/CNVMetrics网站/
软件包下载报告	下载统计信息