催化剂
细胞测定dATa分析工具
生物导体版本：释放（3.19）
CATALYST提供了用于细胞数据预处理和差异发现的工具，如FACS、CyTOF和IMC。预处理包括i）使用珠子标准进行归一化，ii）单细胞反褶积，以及iii）基于珠子的补偿。对于差异发现，该软件包提供了许多方便的数据处理功能（例如，聚类、降维），以及一套用于探索性数据分析和探索差异丰度（DA）和状态（DS）结果的可视化功能分析以分别确定亚群水平上的成分和表达谱差异。
作者：海伦娜·克劳威尔
、维托·R.T.·扎诺特利[aut]、斯特凡·切夫里尔[aut，dtc]、马克·D·罗宾逊[aut、fnd]、伯恩德·博登米勒[fnd]
维护人员：海伦娜·克劳威尔（Helena L.Crowell）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CATALYST”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
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细节
| 生物视图 |
群集,数据导入,差异表达式,实验设计,流式细胞术,免疫肿瘤学,质谱学,规范化,预处理,单个单元格,软件,统计方法,可视化 |
| 版本 |
1.28.0 |
| 在生物导体中 |
生物碳3.5（R-3.4）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=4.4），单细胞实验 |
| 进口 |
绕圈子,复杂热图,ConsensusClusterPlus协议,奶牛场,数据表,数字播放器,数字版权所有,flowCore（流动堆芯）,FlowSOM公司,ggplot2,gg排斥,ggridges公司，图形，grDevices，网格，额外网格,矩阵,矩阵统计、方法、，nnls公司,呜呜声,R彩色啤酒,重塑2,Rtsne公司,总结性实验,S4载体,规模,散射，统计信息 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/HelenaLC/CALYST网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/HelenaLC/CALYST/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,差异（diffcyt）,流工作区,ggcyto细胞,针织物,开放细胞,rmarkdown公司,测试那个,超高速 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
溢出R,cytof工作流 |
| 导入我 |
细胞fQC |
| 建议我 |
差异（diffcyt）,imcR工具,treekoR树 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
