CAGEr公司

用于精确定位转录起始位点和启动子组挖掘的CAGE（基因表达的Cap分析）测序数据分析

生物导体版本：释放（3.19）

CAGE测序数据的预处理、转录起始位点的识别和规范化以及转录起始位点簇（启动子）的下游分析。

作者：Vanja Haberle【aut】、Charles Plessy【cre】、Damir Baranasic【ctb】、Sarvesh Nikumbh【ctb）

维护人员：查尔斯·普莱西（Charles Plessy）

引文（从R中输入引文（“CAGEr”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CAGEr”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“CAGEr”）

生物视图	群集,功能基因组学,基因表达式,规范化,预处理,排序,软件,转录,可视化
版本	2.10.0
在生物导体中	生物技术2.12（R-3.0）（11年）
许可证	GPL-3公司
取决于	方法，多重分析实验，R（>=4.1.0）
进口	生物遗传学,生物并行,牛基因组,CAGEfightR公司，数据表，DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计，公式工具，基因组信息Db,基因组比对,基因组范围（>=1.37.16），ggplot2（>=2.2.0），g工具，I范围（>=2.18.0），KernSmooth，回忆录，plyr，Rsamtools软件，重塑2，rtracklayer公司,S4载体（>=0.27.5），som，字符串，字符串，总结性实验、utils、素食、VGAM
系统要求
统一资源定位地址

建议	英国基因组。德雷奥.UCSC.danRer7,DESeq2公司,风扇3和4页,仿生风格、knitr、rmarkdown
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	seqArchRplus系列,seqPattern（序列模式）
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	复合年增长率_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_2.10.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	复合年增长率_2.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）	CAGEr_2.10.0.tgz复合年
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/CAGEr
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CAGEr网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/CAGEr网站/
软件包下载报告	下载统计信息