生物串

生物串的有效操作


生物导体版本:释放(3.19)

内存高效的字符串容器、字符串匹配算法和其他实用程序,用于快速操作大型生物序列或序列集。

作者:HervéPagès[aut,cre],Patrick Aboyoun[aut],Robert Gentleman[aut',Saikat DebRoy[aut],Vince Carey[ctb],Nicolas Delhomme[ctb],Felix Ernst[ctb]Wolfgang Huber[ctb]('matchprobes'vignette),Haleema Khan[ctb'(从Swave转换为RMarkdown的‘matchprobe’vignettee),Aidan Lakshman[ctb,Kieran O'Neill[ctb],Valerie Obenchain[tb]马塞尔·拉莫斯(Marcel Ramos)、阿尔伯特·维尔(Albert Vill)、延·沃卡蒂(Jen Wokaty)

维护人员:HervéPagès<hpages.on.github at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“生物串”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“Biostrings”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“生物串”)
生物字符串2中定义的基本类的简短介绍 PDF格式 R脚本
生物管柱快速概述 PDF格式
处理探针序列信息 HTML格式 R脚本
多条路线 PDF格式 R脚本
成对序列对齐 PDF格式
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 对齐,数据导入,数据表示,遗传学,基础设施,序列匹配,排序,软件
版本 2.72.1
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.0.0),生物遗传学(>= 0.37.0),S4载体(>= 0.27.12),I范围(>= 2.31.2),十六矢量(>= 0.37.1),基因组信息Db
进口 方法、utils、grDevices、stats、,蜡笔
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/Biostrings网站
错误报告 https://github.com/Bioconductor/Biostrings/issues网站
查看更多
建议 绘图,pwalling(pwallign),牛基因组(>= 1.13.14),英国基因组。塞莱根人。UCSC.ce2号机组(>= 1.3.11),英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司(>= 1.3.11),英国基因组。Hsapiens。加州大学旧金山分校hg18,果蝇2探针,hgu95av2探头,hgu133停机坪,基因组特征(>= 1.3.14),hgu95av2cdf,阿菲(>= 1.41.3),艳阳花(>= 1.11.5),RUnit(运行单位),生物风格,针织物
链接到 S4载体,I范围,十六矢量
增强功能
取决于我 雪花石膏串,阿尔奇德芬夫斯,放大器,基本4Cseq,大脑,牛基因组,BSgenomeForge公司,奇姆拉维兹,ChIP分析仪,ChIPsim公司,切割器,CODEX公司,CRISPseek公司,破译,深SNV,基因区域扫描,基因组比对,GOTHiC公司,HelloRanges(HelloRange),hiReads处理器,iPAC公司,烤羊肉串,方法目标NGS,米菲,Modstrings模式,MotifDb公司,motif测试R,海事处,肌肉,寡聚物,ORF搜索,周期性DNA,pqs指示器,pwalling(pwallign),PWMEnrich公司,QSutils公司,R453Plus 1工具箱,r4核糖核酸,rBLAST公司,红色序列,rGADEM公司,Ribo配置文件,rRDP公司,Rsamtools软件,RSV模拟,桑杰纳利瑟,sangerseqR公司,扫描。通用产品代码,SELEX公司,ShortRead(短阅读),SIC工具,模拟FFPE,不锈钢不锈钢,构造字符串,svaNUMT公司,系统管道R,自上而下,变速箱R,树总结实验,三联体,VarCon公司,FDb公司。FANTOM4.promoters.hg19型,太平洋航空公司,pd.aragene.1.0.st,第.1.1.st页,pd.ath1.121501,pd.巴利1,pd.bovgene.1.0.st版,pd.bovgene.1.st文件,pd.绵羊,pd.枯草杆菌,pd.范围.1.0.st,第1.1.st页,pd.嘌呤,pd.犬齿。2,pd.线虫,pd.鸡肉,pd.chigene.1.0.st,pd.chigene.1.st文件,pd.chogene.2.0.st,pd.chogenee.2.1.st版,pd.柑橘,pd.clariom.d.人类,pd.clariom.s.人类,pd.clariom.s.human.ht公司,pd.clariom.s.mouse公司,pd.clariom.s.mouse.ht公司,pdf数据库.rat,pd.clariom.s.rat.ht公司,pd.棉花,pd.语法.1.0.st,pd.cyngene.1.st版本,pd.cyrgene.1.0.st版,pd.cyrgene.1.1.st版,细胞遗传学阵列,pd.dogene.1.0.st版,pd.drogene.1.st(产品描述),玫瑰基因组1,pd.果蝇.2,pd.大肠杆菌.2,大肠杆菌,电子邮箱.asv2,pd.elegene.1.0.st,pd.elegene.1.st版,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st版,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.st文件,PDF版本1.0.st,pd.fingene.1.st文件,pd.基因组5,pd.全基因组snp.6,pd.guigene.1.0.st,pd.guigene.1.st文件,pd.hc.g110号文件,聚焦,pd.hg.u133.加.2,pd.hg.u133a型,钯汞铀133a.2,pd.hg.u133a.标签,pd.hg.u133b型,pd.hg.u219型,pd.hg.u95a型,pd.hg.u95av2型,pd.hg.u95b型,pd.hg.u95c型,pd.hg.u95d型,pd.hg.u95e型,pd.hg18.60mer.expr公司,pd.ht.hg.u133.plus.pm文件,pd.ht.hg.u133a型,pd.ht.mg.430a,pd.hta.2.0版,pd.hu6800型,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.匈牙利.2.1.st,pd.尺寸,pd.映射250k.nsp,pd.mapping250k.sty公司,pd.mapping50k.hind240,pd.映射50k.xba240,pd.margene.1.0.st版,pd.大号.1.1.st,pd.medgene.1.0.st,pd.medgene.1.st版,pd.医学,pd.mg.u74a型,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b型,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c型,pd.mg.u74cv2型,局部mirna.1.0,pd.mirna.2.0版,局部mirna.3.0,pd.米尔纳4.0,产品编号:430a,pd.moe430b公司,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st(pd.mogen.2.0.st),pd.发电机.2.1.st,pd.鼠标430.2,pd.鼠标430a.2,pd.mta.1.0版,pd.mu11ksuba公司,pd.mu11k橡胶,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.卵生.1.0.st,pd.卵生.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.等离子.无窗口,pd.pollar公司,pd.猪,pd.porgene.1.0.st版,pd.porgene.1.1.st文件,pd.rabgene.1.0.st,pd.rab基因.1.1.st,pd.rae230a型,pd.rae230b型,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragen.1.0.st.v1,pd.代理1.1.st.v1,pd.代理.2.0.st,pd.代理2.1.st,局部额定值230.2,pd.rcngene.1.0.st,pd.rcngenee.1.1.st文件,pd.rg.u34a型,pd.rg.u34b型,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.st文件,pd.rhesus公司,pd.冰,pd.rjpgene.1.0.st版,pd.rjpgene.1.1.st版本,pd.rn.u34号,局部放射治疗1.0,pd.rusgene.1.0.st,pd.rusgene.1.st文件,pd.s.aureus公司,pd.大豆,pd.大豆.1.0.st,pd.大豆.1.1.st,pd.甘蔗,pd.托马托,pd.u133.x3p型,葡萄球菌,pd.小麦,pd.x.laevis.2号,pd.x.热带,pd.xenobus.laevis公司,pd.酵母.2,pd.yg.s98型,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.st,pd.斑马鱼,哈勃ChIP,JASPAR2014年,NestLink公司,基因调控,排序,清洁B顺序,减震器,子可见性
导入我 过敏性失衡,AneuFinder(网络查找器),注释中心数据,大约8R,评估员,ATACseqQC公司,BBC分析仪,B等级,bc序列,跳动,BgeeCall电话,biovizBase公司,分支指针,b序列,BUMHMM公司,BUSpaRse公司,单元格条形码,ChIPpeakAnno公司,ChIPseqR公司,ChIPsim公司,色度VAR,循环RNA分析器,圆形序列对齐Tk,清理上TSeq,cliProfiler(剪辑档案器),中国能源研究院,CNV过滤器,齿轮传动装置,compEpiTools公司,同意DE,科罗拉多州,crispr底座,crispr蝴蝶结,crispr设计,crisprScore公司,清爽闪亮,脆皮RVariants,crisprViz公司,自定义ProDB,数据2,dag徽标,DAME查找器,少女,去肿瘤2Sig,差异Hic,DNAshapeR公司,多米诺效应,双重麻烦,easyRNA序列,EDASeq公司,enhancer同源搜索,集成数据库,信号群VEP,EpiTxDb公司,esATAC公司,优生,事件指针,事实R,快速清洁剂,火焰,GA4GH客户端,gcapc公司,全球气候变化评估,gDNAx公司,基因区域扫描,基因组学,基因组自同构,基因组比对,基因组分布,基因组特征,基因组得分,GenVisR系统,ggbio公司,ggmsa,吉拉菲,gmapR(gmapR),格莫维兹,GRaNIE公司,指南eq,Gviz公司,格瓦斯卡特,h5vc公司,热浪,HiLDA公司,HiTC公司,HTSeqGenie软件,冰茶,国际数据保护协会,内部专家,InterMineR公司,离子加速器,ipdDb接口,IsoformSwitch分析仪,KEGGREST公司,林蒂恩,淋巴顺序,m6上方,MADSEQ公司,MatrixRider公司,MDTS公司,MEDIPS公司,MEDME公司,模因,MesKit(网格工具包),亚eqR2,方法插补,有条不紊的,甲基管,甲基化酶,米娅,微生物群,微生物标记,微生物菌剂工艺,微小RNA,MMDiff2(最大差值2),移动RNA,蒙娜丽莎,Motif2站点,motifbreakR图案,图案计数器,图案匹配器,motif堆栈,MSA2分布,MSnID(MSnID),MSstatsLiP公司,MS统计PTM,多棱镜,MungeSumstats公司,音乐剧,突变模式,纳米MethViz,NanoStringNC工具,ngs报告,核素R,寡头类,OmaDB公司,openPrimeR(打开底漆),ORFik公司,OTU基地,packFinder(包查找器),pdInfoBuilder,Phylo配置文件,品学兼优,管道框架,植物人,podkat公司,聚酯纤维,基本TSS,问题BAMr,原核细胞,ProteoDisco公司,PureCN公司,Pviz公司,qPLEX分析仪,qsea公司,夸脱PAC,QuasR公司,r3序列,雷尔,拉米瓦斯,区域协调机构,卢比,补偿,区域R,regutools公司,REMP公司,Repitools公司,RESOLVE(解决),射频放大器室,rGADEM公司,RiboCrypt公司,核糖体轮廓QC,RNAmodR(无线电导航修改器),rpr定时器,Rqc(质量控制),无线电跟踪器,沙克,扫描最小值,扫描MiRApp,剪刀,scmeth公司,范围,得分InvHap,sc管道,邋遢的,seqArchR,seqArchRplus系列,SeqArray(序列阵列),seqPattern(序列模式),SGSeq公司,签字人,SigsPack系列,单一的,单分子足迹,西塔德拉,SNPhood公司,soGGi公司,躯体特征,稀疏签名,尖刺状的,拼接向导,SPLINTER公司,固态断路器,结构变量注释,超高,表面活性剂,svaRetro公司,突触,同步扩展,同步静音,同义词,TAPseq公司,TFBS工具,过渡,tRNA,tRNA数据库导入,tRNAscanImport(tRNAscan导入),电视广播公司,tx转换器,tximeta公司,乌拉尔西奇,UMI4猫,普世运动,变量注释,变型实验,变量筛选,变量工具,wavClusteR(波浪俱乐部),XNA字符串,雅加达,欧洲路径数据库,FDb公司。无限甲基化.hg18,FDb公司。英飞凌甲基化.hg19,pd.081229.hg18.发起人.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.提示符,pd.2006.07.18.mm8.参考序列号,pd.2006.10.31.rn34.refseq.罗马特,pd.charm.hg18示例,出生时体重18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,局部mirna.3.1,MetaScope(元作用域),微生物数据集,pd.atdschip.瓷砖,PhyloProfile数据,系统管道数据,seqpac公司,胡地,BASiNET网络,BASiNET熵,生物标记,复制分隔符,cripR设计R,欧洲航天局,立方块,深水区,DNAmotif公司,嫁妆,EncDNA,信号群Tax,EpiSemble公司,GaMa生物MD,GB5mcPred标准,genBaR代码,基因HapR,基因组信号,贮藏室,ICAMS公司,iimi公司,immuneSIM卡,基比奥,公里/秒,公里石头,长readvqs,元簇,微秒,MitoHEAR公司,MixviR公司,ogrdbstats公司,操作EnHiMR,PACVr公司,预CRG,参考序列R,恢复,种子匹配R,seqmagick公司,simMP(模拟最大功率),SMITID结构,vhcub
建议我 雪花石膏文件,注释,注释锻造,批注中心,自治,班布,银行,生物遗传学,CSAR公司,eisaR公司,基因组文件,基因组范围,基因组簇,GWA工具,Hi联系人,HPiP公司,黑手党,methrix公司,甲基脲,MiRaGE公司,丝裂原克隆2,无Cpos,交互作用,RNAmodR(导航修正)。碱性系列,rpx公司,rSWeeP公司,rTRM公司,屏幕计数器,斯帕齐,飞溅,系统管道工具,树(treeio),脱扣器,十六矢量,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP149.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP150.GRCh38型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh37型,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP155.GRCh38型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,XtraSNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh38型,BeadArray用例,阿霍·科拉西克·特里,,生物3d,DDPNA公司,文件2meco,gkmSVM公司,核糖核酸酶R,maGUI(主图形用户界面),MARVEL公司,其他Metabar,澳门特别行政区,名称针,orthGS公司,潘戈恩,聚合RAD,绘制,顺序(seqtrie),西格玛(sigminer),西尼亚克,tidysq公司
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程序包档案

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源程序包 生物串_2.72.1.tar.gz
Windows二进制 生物字符串_2.72.1.zip
macOS二进制(x86_64) 生物串_2.72.1.tgz
macOS二进制(arm64) 生物串_2.72.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biostrings网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/生物串
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Biostrings网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/Biostrings网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档