BaalChIP公司
BaalChIP：癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包提供了处理多个ChIP-seq BAM文件和检测等位基因特定事件的功能。计算单个变异体（SNP/SNV）的等位基因计数，执行广泛的QC步骤以删除有问题的变异体，并使用贝叶斯框架识别具有统计意义的等位蛋白特定事件。BaalChIP能够解释两个等位基因之间的拷贝数差异，这是癌症样本的已知表型特征。
作者：Ines de Santiago、Wei Liu、Ke Yuan、Martin O'Reilly、Chandra SR Chilamakuri、Bruce Ponder、Kerstin Meyer、Florian Markowetz
维护人员：伊内斯·德·圣地亚哥（Ines de Santiago）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“BaalChIP”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“BaalChIP”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,ChIPSeq公司,排序,软件 |
| 版本 |
1.30.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.3.1），基因组范围,I范围,Rsamtools软件 |
| 进口 |
基因组比对,基因组信息Db,do并行，平行，doBy公司,重塑2,规模,尾波,foreach公司,ggplot2，方法，实用程序，图形，统计 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
