BUSpaRse公司
kallisto|bustools R实用程序
生物导体版本：释放（3.19）
kallisto|bustools管道是一套快速、模块化的工具，用于将fastq文件中的单细胞RNA-seq读取转换为基因计数或转录兼容计数（TCC）矩阵，用于下游分析。此管道的中心是条形码、UMI和集合（BUS）文件格式。该软件包有以下用途：首先，该软件包允许用户将BUS格式文件作为R中的数据帧进行操作，然后将其转换为基因计数或TCC矩阵。此外，由于R和Rcpp代码比纯C++代码更容易处理，因此鼓励用户调整此包的源代码，以尝试BUS格式的新用途以及将BUS文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次，该软件包可以方便地生成生成RNA速度的拼接和未拼接转录物的基因计数矩阵所需的文件。在这里，可以过滤生物型，去除支架和单倍型，并且可以提取过滤的转录组并写入磁盘。第三，该软件包实现了实用函数，以获取将BUS文件转换为基因计数矩阵所需的转录本和相关基因，以bustool所需的格式将转录本写入基因信息，并将bustool的输出作为稀疏矩阵读入R。
作者：兰达·摩西[aut，cre]
，Lior Pachter[aut，ths]
维护人员：Lambda Moses<caltech.edu的dlu2
引文（从R中输入引文（“BUSpaRse”）)以下为：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“BUSpaRse”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“BUSpaRse”）
细节
| 生物视图 |
RNA序列,单个单元格,软件,工作流步骤 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 3.10（R-3.6）（4.5年） |
| 许可证 |
BSD_2_clause+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=3.6） |
| 进口 |
注释Dbi,批注筛选器,生物反应器,生物遗传学,生物串,牛基因组,数字播放器,集成数据库,基因组信息数据库,基因组学特征,基因组范围,ggplot2,I范围,马格里特,矩阵、方法、，plyranges系列,卢比,S4载体，统计，字符串,易怒的,第三年，实用程序，狂热分子 |
| 系统要求 |
GNU品牌 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/BUStools/BUSpaRse网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/BUStools/BUSpaRse/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
针织者,rmarkdown公司,测试那个,仿生风格,txdbmaker公司,TENxBUS数据,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,EnsDb公司。哈皮恩斯v86 |
| 链接到 |
卢比,RcppArmadillo公司,Rcpp进度,伯克希尔哈撒韦 |
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
|
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
