AUCell公司
AUCell：分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性（例如，识别具有特定基因特征的细胞）
生物导体版本：释放（3.19）
AUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集（例如特征码、基因模块……）的细胞。AUCell使用“曲线下面积”（AUC）计算输入基因集的关键子集是否在每个细胞的表达基因中丰富。AUC分数在所有细胞中的分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的，因此AUCell独立于基因表达单位和标准化程序。此外，由于单元格是单独计算的，因此可以很容易地应用于更大的数据集，如果需要，可以对表达式矩阵进行细分。
作者：萨拉·艾巴尔（Sara Aibar）、斯坦·阿尔茨（Stein Aerts）。计算生物学实验室。VIB-KU鲁汶脑与疾病研究中心。比利时鲁汶。
维护人员：格特·赫尔斯曼（Gert Hulselmans）。位于库鲁文的赫尔斯曼
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“AUCell”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
基因表达式,GeneSet扩展,规范化,单个单元格,软件,转录,转录组学,工作流步骤 |
| 版本 |
1.26.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（6.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
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| 进口 |
DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计,数据表、图形、grDevices、，GSEA基地,矩阵、方法、，混合工具,R.utils公司，统计，摘要实验,生物遗传学，实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://scenic.aertslab.org |
查看更多
| 建议 |
博科生物,仿生风格,多斯诺,动态树剪切,DT公司,地理查询,针织物,国家气象局,普利尔,R2HTML,rmarkdown公司,重塑2,巧妙地,Rtsne公司,测试那个,动物园 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
OSCA基本 |
| 导入我 |
表调节子,逃跑,Rcis目标,sc功能 |
| 建议我 |
解耦器R,SC发布 |
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生成报告 |
程序包档案
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