ANCOMBC公司

带偏差校正的微生物组差异丰度和相关性分析

生物导体版本：释放（3.19）

ANCOMBC是一个包含微生物组数据差异丰度（DA）和相关性分析的软件包。具体来说，该软件包包括用于DA分析的带偏差修正的微生物组分分析2（ANCOM-BC2）、带偏差修正微生物组分的分析（ANCOM-BC）和微生物组分（ANCOM），以及用于相关性分析的微生物组元间相关性稀疏估计（SECOM）。微生物组数据通常会受到两种偏差来源的影响：不相等的采样分数（样本特异性偏差）和差异测序效率（分类单元特异性偏差）。ANCOMBC包中包含的方法旨在纠正这些偏差并构建统计一致的估计量。

作者：黄林[cre，aut]

维护人员：黄林<黄林弗雷德里克在gmail.com>

引文（从R中输入引文（“ANCOMBC”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ANCOMBC”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ANCOMBC”）

ANCOM教程	HTML格式	R脚本
ANCOM-BC教程	HTML格式	R脚本
ANCOM-BC2教程	HTML格式	R脚本
SECOM教程	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	差异表达式,微生物组,规范化,排序,软件
版本	2.6.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.3.0）
进口	米娅（>=1.6.0），统计，CVXR公司,描述工具,Hmisc公司,MASS（质量）,矩阵,Rdpack公司,S4载体,单细胞实验,总结性实验,树总结实验,do并行,doRNG公司,能量,foreach公司,gtools公司,lme4公司,lmer测试,多计算机,nloptr公司，并行，utils
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Frederick黄林/ANCOMBC
Bug报告	https://github.com/Frederick黄林/ANCOMBC/issues

建议	数字播放器,针织物,rmarkdown公司,测试那个,DT公司,第三年,潮韵诗,微生物群,马格里特
链接到
增强功能
取决于我
导入我	河坝的,微生物标记
建议我	达尔,其他Metabar
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ANCOMBC_2.6.0.tar.gz号
Windows二进制	ANCOMBC_2.6.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	ANCOMBC_2.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	ANCOMBC_2.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/ANCOMBC
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ANCOMBC/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/ANCOMBC/
软件包下载报告	下载统计信息