ALDEx2型
考虑样品和尺度变化的差异丰度分析
生物导体版本：释放（3.19）
用于比较两种或多种条件的差异丰度分析。有助于分析标准RNA-seq或meta-RNA-seque分析的数据以及体外序列选择中的选择值和未选择值。使用Dirichlet多项式模型从计数推断丰度，并针对三个或更多实验重复进行优化。该方法根据Wilcoxon秩和检验和Welch的t检验（通过aldex.ttest）、Kruskal-Wallis检验（通过aldex.kw）、广义线性模型（通过aldes.glm）或相关性检验（通过alidex.corr），推断生物和取样变异，以计算预期的假发现率。所有测试报告均预测了p值，并对Benjamini-Hochberg校正后的p值进行了校正。ALDEx2还计算配对或非配对研究设计的预期标准化效应大小。ALDEx2现在可用于估计尺度对结果的影响，并报告结果的尺度依赖性稳健性。
作者：格雷格·格洛尔（Greg Gloor）、安德鲁·费尔南德斯（Andrew Fernandes）、让·麦克莱姆（Jean Macklaim）、阿里安娜·阿尔伯特（Arianne Albert）、马特·林克斯（Matt Links）、托马斯·奎因（Thomas Quinn）、吴嘉荣（Jia Rong W
维护人员：格雷格·格洛尔（Greg Gloor）
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ALDEx2”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“ALDEx2”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯,ChIPSeq公司,DNASeq公司,差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,基因组,微生物组,后部p值,RNA序列,缩放模拟,排序,软件,转录组学 |
| 版本 |
1.36.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.0（R-3.1）（9.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
方法、统计信息、，z成分,晶格,额外晶格 |
| 进口 |
快速,BiocParallel公司,基因组范围,I范围,S4载体,总结性实验,multtest公司,直接标签 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc |
| 错误报告 |
https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/问题 |
查看更多
| 建议 |
测试那个,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,呜呜声,gg模式,ggplot2,奶牛场,潮韵诗,魔法 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
omicplotR公司 |
| 导入我 |
河坝的,微生物标记,美国汽车工业协会,ggpicrust2 |
| 建议我 |
达尔,个人所得税 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
