下面展示了H3N2病毒数据集（包含在软件包中）基于系统发育的序列聚类结果

图书馆(站点路径)

数据(h3n2_对齐) #加载H3N2序列
数据(h3n2树) #加载相应的系统发育树

选项(列表(“cl.孔” = 10)) #使用10个内核进行多处理

路径 <- 沿袭路径(h3n2树，对齐= h3n2_对齐，N分钟= 0.05)

##“树”对象不是由“multi2di”函数分叉和解析的。

##使用10个磁芯。。
##多处理已结束。

最小熵 <- 站点最小熵(路径)

##使用10个磁芯。。
##多处理已结束。

第1页 <- 绘制单个站点(路径，站点= 208) #树上208位点的位点多态性
第2页 <- 绘制单个站点(最小熵，站点= 208) #使用站点208进行聚类的结果
额外网格::网格排列(第1页,第2页，ncol公司= 2)

第1组 <- 提取器提示(路径,208) #仅使用站点多态性对结果进行分组
第2组 <- 提取器提示(最小熵,208) #基于系统发育的聚类结果

安装

R编程语言>=4.1.0需要使用站点路径.

稳定版本可在生物导体.

如果 (!requireNamespace（必需命名空间）(“生物经理”，悄悄地= 真的))
    安装程序包(“生物经理”)

生物技术经理::安装(“站点路径”)

安装位置github处于实验阶段，但提供了最新功能：

如果 (!requireNamespace（必需命名空间）(“遥控器”，悄悄地= 真的))
    安装程序包(“遥控器”)

遥控器::安装github(“wuaipinglab/sitePath”)

快速启动

以下是关于如何使用的快速教程站点路径寻找固定和平行位置，包括如何导入数据、运行分析和结果可视化。

1.数据准备

你需要一个树和a海事局（多序列比对）文件和序列名称必须匹配！

图书馆(站点路径) #加载sitePath包

#树和MSA文件的路径
树文件 <- system.file（系统文件）(“外部数据”,“ZIKV.newick”，程序包= “站点路径”)
对齐文件 <- system.file（系统文件）(“外部数据”,“ZIKV.fasta”，程序包= “站点路径”)


树 <- read.tree（读取树）(树文件) #将树文件读入R
排列 <- 读取对齐(对齐文件，格式= “法斯塔”) #将MSA文件读入R

2.运行分析

无机氮和最小SNP是用于寻找固定和平行位点的相应参数（18和1被用作该数据集的示例）。如果不指定默认值，则将使用默认值。

选项(列表(“cl.孔” = 1)) #将此值设置为大于1以使用多处理

paraFix（修复段落） <- 副固定站点(树，对齐= 排列，N分钟= 18，最小SNP= 1) #查找paraFix站点
paraFix（修复段落）

##这是“paraFixSites”对象
##
##固定部位：
## 139, 894, 2074, 2086, 2634, 3045, 988, 1143, 2842, 3398, 107, 1118, 3353
##
##并行站点：
## 105, 2292, 1264, 918, 1226, 1717, 988, 2611, 2787, 2749, 3328, 3162, 1857, 2445, 358, 1404, 3046, 791, 1180, 1016, 1171, 1327, 3076, 106, 2357, 916, 1303, 969, 573, 2909, 2122, 940
##
##paraFix站点：
## 988

3.固定位置

使用所有站点名称并设置类型作为“固定”检索固定站点名称

所有站点名称(paraFix（修复段落），类型= “固定”)

##  [1] "139"  "894"  "2074" "2086" "2634" "3045" "988"  "1143" "2842" "3398"
## [11] "107"  "1118" "3353"

使用绘图固定站点查看固定位置

绘图固定站点(paraFix公司) #查看树上的所有固定站点

绘图固定站点(paraFix公司，站点= 139) #查看单个站点

4.平行站点

使用所有站点名称并设置类型作为“parallel”检索并行站点名称

所有站点名称(paraFix（修复段落），类型= “平行”)

##  [1] "105"  "2292" "1264" "918"  "1226" "1717" "988"  "2611" "2787" "2749"
## [11] "3328" "3162" "1857" "2445" "358"  "1404" "3046" "791"  "1180" "1016"
## [21] "1171" "1327" "3076" "106"  "2357" "916"  "1303" "969"  "573"  "2909"
## [31] "2122" "940"

使用绘制并行站点查看并行站点

绘制并行站点(paraFix（修复段落）) #查看树上的所有并行站点

绘制并行站点(paraFix（修复段落），站点= 105) #查看单个站点

获取帮助

贴在生物导体上支持站点如果使用有困难站点路径。或打开问题如果发现错误。

sitePath：使用位点多态性进行基于系统发育的序列聚类

安装