AmiGO 2型

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状态

目前在生产.

介绍

AmiGO 2是一个创建下一代阿米戈--当前基于web的官方工具集，用于搜索和浏览基因本体数据库。

有关功能的概述，请参阅概述文档.

有关安装信息，请参阅安装文档.

AmiGO 2型

虽然我们有时会将AmiGO 2视为一个统一的项目，但它的组件部分目前在两个不同的存储库中分为三组：GOlr（后端和加载）以及前端的perl和JavaScript部分。

GOlr：后端

与旧的AmiGO相比，最根本的变化是包含基因本体数据的后端——MySQL关系数据库已经被替换，现在直接加载到Solr文档存储中，称为戈尔.

这个新的后端不仅提供了运行AmiGO的引擎，而且任何人都可以将其用作web服务。有关更多信息，请访问戈尔第页。

Perl和JavaScript前端

AmiGO 2前端是GOlr后端的用户层。AmiGO 2的一些组件使用perl库与GOlr后端（和其他远程源）通信，处理结果，并将其显示给用户。其他组件（JavaScript API）直接与GOlr后端通信。

应用程序编程接口

测试版公共JavaScript API最终将在http://api.berkeleybop.org.当我们进入测试版时，JSAPI的永久主页正在考虑中，预览文档可以在http://api.berkeleybop.org/amigo2/docs/.

开发

当前版本是“trunk”。它正在积极发展。

后端GOlr加载代码在Google code上可用，请参阅GOlr公司第页了解更多详细信息。

前端代码在AmiGO 2特定代码repo和更通用的JavaScript/JavaScript API代码repo之间中断，两者都托管在GitHub上。前者可以找到在这里以及后者在这里.

关于安装的更多详细说明尚待确定，但这两个存储库的首页都是一个很好的起点。

列表

有AmiGO 2开发邮件列表在这里.

兼容性

后端

后端是在Ubuntu 12.04和12.10中开发的。它也已在Mac OSX 10.7上成功运行。考虑到这两个因素，预计它将在任何性能良好的现代*nix平台上运行。

前端

AmiGO 2应该与大多数现代操作系统/浏览器组合兼容，并具有良好的JavaScript和CSS支持。然而，目前尚未进行广泛的测试。AmiGO 2主要是在GNU/Linux的几个版本上使用Firefox、Chrome和Opera开发的。

存储库和跟踪器

组成AmiGO 2的元素的存储库和跟踪器包括：

时间表

标签 释放 高亮显示特征 功能注释 评论
β0 2013-04-12
  • 初始可能的功能集
  • 第一个可外部使用的A2版本
β1 2013-07-15
  • 搜索
  • 格雷布
  • 详细信息页面
  • 鹅
  • 轴/矩阵面比较
  • 集成控制和负载平衡
  • 简化的构建和安装
  • 简化和调试的功能集（核心）
  • 冻结
  • 第一次“公开”发布——从A1发布
β2 2013年10月1日
  • Redone UI（引导程序3）
  • 折叠公开测试版反馈
  • 如果UI重做进展顺利，则发布速度可能更快
  • 将测试版生产转移到生产？
  • 生产API部署？
  • “清除”URL
  • 考虑RC
  • 简短的培训视频？
  • （待定）又一轮裁决？
2 2014-03-12
  • 初始稳定释放
2.1 2014-05
  • 增加了术语丰富（通过PANTHER/RTE）
  • 所有搜索窗格上的一致灵活下载
  • 在通过中间搜索搜索ID时，在结果中添加了更多选项
  • 为术语和基因产品详细信息页面上的“相关”下载和页面添加了更多选项（包括注释下载）
  • 固定标题和字段描述
  • 更多组件已转换为Bootstrap 3（外观更好）
  • 许多较小的发布后修复和调整
  • 重新添加了一些功能
  • Axis撤回实验室
  • 第一轮评论
2.2 2015-03
  • 公共书签API
  • 新部署系统（简化的Apache和嵌入式服务器）
  • 将单元测试扩展到UI和数据
  • BS3完工进度
  • 现在回到PANTHER术语充实
  • 大量未完成的数据、错误和外部资源升级/修复（部署更改从2.1阻止）
  • 永久无缝GOlr URL
2.3 2015-09
  • 拆除内部TE设施
  • 大量小的可用性和错误修复
  • 新配置系统（基于JS的单源和owltools锁定）
  • 单元测试现在已正确集成。
  • 围绕错误/可用性修复和新配置/加载管理的小版本。
  • 改进了Jenkins开发工作流程。
2.4 2016年08月
  • 深入本体/注释浏览器
  • 矩阵工具
  • PMID搜索和中间页面
  • Gannet（Solr搜索环境）
  • 大大改进了统计数据和图形
  • 筛选中分类单元和证据子集的使用
  • 大量小的可用性和错误修复
  • 吨次要特征
  • 外部Galaxy功能已恢复
  • 准备好处理Noctua模型
  • 更好的站点分隔
  • RESTy API服务
  • OWLTools版本锁定
  • 基于gulpfile.js的安装
  • JS小部件库派生
  • 更多项目转换为BS3，但仍保留一些jQuery UI组件。
  • 下载大小可以增加，现在下载服务器有单独使用的变量——只需创建它们，等等。
  • 地理空间过滤实验
2.5 2018-04; 滚动的
  • （待定）使用Solr 6.x改进搜索
  • 批量搜索？
  • （待定）OWLTools加载加速->IEA加载？
  • 大量小的可用性和错误修复
  • 待定
  • 待定

未来功能库

  • （Noctua）模型集成
  • 国际能源机构
  • 搜索改进（后端）
  • 批量搜索和下载工具
  • 完成转换为新外观（Bootstrap）
  • 浏览
  • 浏览（细胞图/大）
  • REPL（更换）
  • GO Galaxy集成
  • 甘纳（Gannet）
  • GOlr扩展
    • 新建字段
    • 新的搜索个性（证据聚合等）
  • Phylotree集成
  • 矩阵工具

演示文稿

2012年BOSC上的AmiGO 2演示可在伯克利BOP上获得网站.

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