常用软件下载

TRS：从多个动态实验推断转录逻辑（Giorgos Minas、Dafyd Jenkins、David A Rand和Barbel Finkenstadt）

这是一个MATLAB工具箱，用于从同时分析的多个动态实验中推断转录调控的参数化模型。

要求： Matlab公司

2019年7月8日星期一12:30

MDI-GPU：使用GP-GPU计算加速基因组规模数据的集成建模（Sam Mason、Faiz Sayyid、Paul Kirk、Colin Starr和David Wild）

要求：C++11编译器，例如gcc 4.8或更高或OSX Xcode 6；这个促进和本征图书馆；以及使用CUDA GPU（可选但推荐），CUDA 5.5或更高版本。

2019年7月8日星期一12:30

PeTTSy（系统扰动理论工具箱；Mirela Domijan、Paul Brown、Boris Shulgin和David Rand）

这是一个基于GUI的Matlab工具箱，它实现了一系列技术，用于基于大而复杂的常微分方程模型的扰动理论和灵敏度分析。

要求： Matlab公司R2008a或更高版本，加上符号数学工具箱

从GitHub下载PeTTSy：https://github.com/pebrown88/pettsy网站

2019年7月8日星期一12:29

利用物种间数据融合推断同源基因调控网络（Chris Penfold、Jonathan Millar和David Wild）

要求：	MATLAB软件（工具箱：gpml）
	犯罪现场调查
	图形内核包

请参见	笔筒等, (2015). 利用物种间数据融合推断同源基因调控网络。生物信息学 31（12）：i97-i105doi:10.1093/bioinformatics/btv267

2019年7月8日星期一12:28

因果结构识别（Chris Penfold、Paul Brown、Ahmed Shifaz、Ann Nicholson和David Wild）

推理基因调控网络的因果结构识别（CSI）和层次因果结构识别算法的MATLAB实现。该软件包包括一个图形前端，能够可视化结果并将网络导出到细胞景观。

要求： MATLAB软件（工具箱：gpml）

请参见	笔筒等, (2015). CSI：从多扰动时间序列基因表达数据进行网络推断的非参数贝叶斯方法。遗传学和分子生物学中的统计应用。出版中
	Penfold&Wild，（2011）。如何从表达谱推断基因网络，重温。界面焦点 1857-870. doi:10.1098/rsfs.2011.0053
	笔筒等。, (2012). 扰动和同源基因调控网络的非参数贝叶斯推断。生物信息学 28(12)i233-i241 doi:10.1093/bioinformatics/bts222

2019年7月8日星期一12:28

MosaicSolver（Graham Wood、Eugene Ryabov、Jessica Fannon、Jonathan Moore、David Evans和Nigel Burroughs）

MosaicSolver序列算法的Matlab实现（Wood、Ryabov、Fannon、Moore、Evans和Burroughs，核酸研究，2014，doi:10.1093/nar/gku524）。它使用下一代测序堆积数据确定来自两个亲本基因组的重组体及其比例。

要求： Matlab公司，使用统计和优化工具箱

参见Graham R.Wood、Eugene V.Ryabov、Jessica M.Fannon、Jonathan D.Moore、David J.Evans和Nigel Burroughs（2014）。MosaicSolver：一种从堆积数据中确定病毒基因组重组体的工具。核酸研究（2014）doi:10.1093/nar/gku524

2019年7月8日星期一12:27

NGS确定的种群混合的误差修正和多样性分析（Graham Wood、Nigel Burroughs、David Evans和Eugene Ryabov）

在Excel和Matlab中实现i）一种纠正核苷酸分布中NGS错误的方法，以及ii）测试和估计错误纠正数据中多样性的方法，包括评估多样性估计值是否与克隆种群一致。

要求： Matlab公司或Microsoft Excel

2019年7月8日星期一12:26

网络干扰分析和纠正软件（王颖、大卫·A·霍奇森、米里亚姆·L·吉福德和奈杰尔·巴勒斯）

我们的论文“校正调节器干扰引起的因果网络推断中的链路丢失”中描述的方法的实现提交给生物信息学该方法定义了因果网络，用于在稀疏线性自回归模型的背景下纠正动态相似调节器之间的干扰问题。NIACS软件包中提供了测试数据。有关如何运行该软件的详细信息，请参阅包中包含的NIACS _Documentation.pdf文件。

要求： R编程语言

2019年7月8日星期一12:25

R的贝叶斯层次聚类（Richard S Savage、Katherine Heller、Yang Xu、Zoubin Ghahramani、William M Truman、Murray Grant、Katherin J Denby和David L Wild）

Heller和Ghahramani（2005）描述的算法的实现。该方法使用基于Dirichlet过程（即无限混合）模型的贪婪聚集算法对多项式数据进行聚类。

这项工作由EPSRC资助

要求：这个R编程语言

它采用R包的形式，可以使用命令安装R CMD安装BHC_1.1.0.tar.gz。要使用BHC功能，您需要在R会话中显式加载库，使用库（BHC）或要求（银行控股公司）。

请参见BMC生物信息学2009 10:242

2019年7月8日星期一12:25

VBSSM GUI（Paul Brown和David Wild）

这是Matthew J Beal为Matlab开发的变分贝叶斯状态空间建模工具箱的图形前端。

它可以与并行计算工具箱和分布式计算服务器协同工作，使建模作业能够卸载到远程CPU。

要求： Matlab公司R2008b或更高版本，加上VBSSM工具箱

请参见生物信息学2005 21:349

2019年7月8日星期一12:23

光谱重采样（玛丽亚·科斯塔、保罗·布朗、巴贝尔·芬肯斯塔特、彼得·古尔德、朱莉娅·福尔曼、凯伦·哈利迪、安东尼·霍尔和大卫·兰德）

Matlab的一种带有图形前端的周期拟合算法，该算法从Microsoft Excel xls文件导入周期时间序列数据。

这项工作是与利物浦大学和爱丁堡大学合作完成的ROBuST项目由BBSRC和EPSRC根据SABR倡议提供资金。

要求：Matlab公司R2008b或更高版本，加上源代码的统计和信号处理工具箱，对独立二进制文件没有要求。

2019年7月8日星期一12:22

3MC，减数分裂染色体的马尔可夫链蒙特卡罗（Chris Penfold、Paul Brown、Neil Lawrence和Alastair Goldman）

这是一个Matlab工具箱（带图形前端），用于模拟减数分裂早期代表条件下的稳态染色体轨迹。该模型基于半柔性统计，其中端粒或着丝粒附着在核壁上，并有方向性偏差。

要求：Matlab公司R2008a或更高版本

请参见笔筒等, 2012. 公共科学图书馆计算生物学8（5）：e1002496。doi:10.1371/journal.pcbi.1002496

2019年7月8日星期一，12:21

MATLAB的MDI软件包（Paul Kirk、Jim Griffin、Rich Savage、Zoubin Ghahramani和David Wild）

有关如何运行软件的详细信息，请参阅存档中包含的README文件。此外，存档中提供了一个示例，可以通过导航到Matlab中的相应目录，然后在命令行中键入MDISim（2）来初始化该存档

要求：Matlab公司

2019年7月8日星期一12:20

使用基于最大熵的相关突变测量预测蛋白质β-表接触（Nik Burkoff、Csilla Varnai和David Wild）

用于最大熵相关突变测度和β链预测模型的C++代码。

请参见：	伯克夫等, 2013. 使用基于最大熵的相关突变测量预测蛋白质β-表接触。生物信息学 29(5):580-587. doi:10.1093/bioinformatics/btt005

2019年7月8日星期一12:19

ReTrOS：重建转录开放软件（Maria J.Costa、Hiroshi Momiji、Barbel Finkenstadt和David A.Rand）

Matlab代码，用于从时间进程（LUC-、GFP-等）成像数据重建转录谱。用Matlab 2009b编写，并与测试数据一起分发。