跳到主要内容 跳到导航

计算机设施

我们的高性能计算集群

WSB有自己的专用HPC群集,基于Dell Poweredge服务器和CentOS,具有224个AMD Opteron内核和总共2.5 TB的RAM。并行和分布式计算由Torque/Maui资源管理器/调度程序管理。该集群运行一系列通用开源应用程序和编程语言,许多定制软件包在内部开发MATLAB分布式计算服务器。此外,WSB成员还可以访问中的HPC群集科学计算中心还有用于本地海量数据存储的设施,以及在丰富的开发环境中创建复杂网站的设施。

软件服务

以下公开可用的软件工具托管在我们的系统上

调控序列的进化分析

中描述的序列分析算法的web界面皮科特(2010)这使得DNA序列可以上传到我们的计算集群中进行分析和显示结果。

MEME-LaB公司

MEME Launcher and Browser是一个在线工具,允许用户使用MEME对多个共表达基因簇的模体发现结果进行简单概述和分析。请参见棕色(2013)生物信息学 29(13): 1696-7

BiFA公司

在单个DNA序列中寻找转录因子结合基序。请参见里德. (2009).BMC生物信息学 10号:218

贝叶斯分段模型

软件开发人大卫·怀尔德以及SPAM(系统蛋白质注释和建模)项目的其他项目。SPAM项目基于国家卫生研究院(NIH)及其国家普通医学科学研究所(NIGMS)部门根据1号P01 GM63208(NIH/NIGMS授予名称:支持结构基因组学的工具和数据资源)资助的工作。

腔色链霉菌通道重建

基于全基因组代谢模型和敏感序列搜索的通路重建方法