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示例:黄斑变性,“皇家疾病”, 物品鱼眼
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变体、基因、转录本、位置和区域查询接受的格式
dbSNP rs-id(rsNNN…N)
单核苷酸变体(SNV):746753722卢比, 145236923卢比,117260922卢比, 376932266卢比, rs113488022, 1421085卢比
插入:rs361923型, 35104581卢比
删除内容:66500630卢比, 66698963卢比
HGVS DNA水平变体
SNV:CLN6(NM_017882):c.679G>A, 加仑12:c.907G>A, SORL1:c.808G>A, 巴西:c.1799T>G, TP53:c.559G>A
FTO:c.46-43098T>c(或NM_001080432:c.46-43098T>c▼rFTO(NM_001080432):c.46-43098T>c)
插入:同步1:c.607_608insACA,BRCA1:c.69_70英寸(注:“同步1:c.607_608ins3型“不接受)
删除内容:BAIAP2L2:c.1322_1363删除, FADS2:c.208-2713_208-2692删除(注:“NM_004006:c.1147_1149delGAG公司“已接受,但”NM_004006:c.1147_1149del3(删除3)“不是)
副标题:轮胎:c.1205_1206delGAinsAT或轮胎:c.1205_1206delinsAT
重复次数:BRCA1:c.64_65dupTT
HGVS单氨基酸取代
CLN6 E227K系列或CLN6谷氨酸227Lys
镀锌12 D303N或GALNT12 p.Asp303Asn公司
TP53:R175L或TP53(NM_000546):R175L或NM_000546:R175L
BRAF:V600E或BRAF:p.V600E或BRAF:p.Val600Glu
BBS4:I354T或BBS4:p.Ile354小时或NM_033028:I354T
NPPA:*152R, TP53:G187S, PIK3CA:H1047R
注释:我们不接受蛋白质插入、缺失或移码变体,因为它们通常无法映射到一个或几个备选基因组变体。所有蛋白变体都被转换为基因组变体,并且只考虑那些影响单个密码子的变体;因此,来自多个密码子改变的单个氨基酸订阅,或截断蛋白质的氨基酸订阅,可能无法从您的查询映射到所有可能导致它的基因组变体
染色体位置rf序列变异序列
分隔符:空格、破折号(-)和冒号(:)的任意组合,染色体以“chr”开头或不带
单核苷酸多态性:15:68500735:答:(或chr15-68500735-A-T公司)
15-73027478-T-C型(或chr15:73027478:温度:C或第15章73027478 T C)
chr6-161127501-T-G(或6:161127501:电话:G或6 161127501吨)
11-89017961-T-A号, chrX:138643751:A:T公司
插入:chr22:39777823::CAA(或22-39777823-加利福尼亚州或chr22-39777823-T-CCAA)
删除:5:156479558:TAAAGCACTAAGACC(塔亚加行动):(或chr5:156479558:TAAAGCACTAAGACC公司:)
染色体位置-ref_seq_length-variant_seq
ref_seq_length:变异等位基因替换的参考碱基数
苏格兰民族党(第三名为“1”):
15-73027478-1-C号(或chr15:73027478:1:C或15 73027478 1摄氏度)
chr6-161127501-1-G(或6:161127501:1:G或6 161127501 1克)
11-89017961-A号
插入(第三位为“0”):
22:39777823:0:中国民航协会(或chr22:39777823-0-CAA公司或chr22 39777823 0 CAA公司)
删除(第三位删除的bp数):
克时22:38482353:42:或22-38482353-42-或22 38482353 42
VCF线路
chr2 45944181。AAGATGAGAGAT AAGATGAT 12.7101故障AC1=2;AF1=1;DP=1;DP4=0,0,0,1;FQ=-37.5258;IDV=1;国际货币基金组织=1;索引;MQ=50;MQ0F=0;SGB=-0.379885 GT:PL 1/1:50,3,0
COSMIC标识
COSV54347687号, 化妆品4986760
转录或基因组位置
HAVCR1:c.487或5:156479558或chr5-156479558号
基因组区域
chr5:156479372..156479666
基因符号或标识符
BRAF公司,表皮生长因子受体,巴西航空公司1
HGNC:1097,ENTREZ:1956年,联合保护组织:B7ZA85
成绩单标识符
NM_002482号
ENST00000586385标准
CNV公司
在VarSome中,CNV以冒号分隔的四字段格式进行编码:
<染色体>:<起始坐标>:<L | E><结束坐标>:<DUP | DEL>
字段1-染色体:UCSC格式的染色体,例如“chr1”、“chr9”、“chrX”等。
字段2-起始坐标:表示CNV起始位置的基因组坐标。
字段3-结束坐标/长度:如果前面有“E”或“E”(结束),则坐标表示CNV的结束位置。如果前面有“L”或“L”(长度),则表示CNV的长度。如果没有前面的标志,则表示“E”。
字段4-拷贝数变化类型。值可以是重复的“DUP”或删除的“DEL”。
hg19参考基因组
chr7:117138367:117159446:戴尔
跨越CFTR外显子1和2的致病性21079bp长缺失
chr3:37039445:37059613:DUP(DUP)
20168年MLH1第3-10外显子可能的致病性重复
chr21:36160098:36171759:戴尔
跨越RUNX1转录物最后两个外显子的11661致病性缺失
chr1:110230496:11025917:DUP(DUP)
A 5421良性重复跨越基因GSTM1和GSTM2
chr2:97854824:97855027:DUP(DUP)
ANKRD3第33和34外显子部分203bp不确定显著性重复
hg38参考基因组
chr1:13308329:13308887:戴尔
PRAMEF4外显子4大部分558bp良性缺失
基督13:32317656:32331987:DUP
BRCA2第3外显子4331bp可能的致病性重复
8:127734450:127764981:DUP(DUP)
跨越MYC的30531bp不确定显著性重复
chr1:13308329:13308887:戴尔
PRAMEF4外显子4大部分558bp良性缺失