膜蛋白模拟简介¶

在这里，我们逐步学习如何使用GROMACS运行简单膜蛋白的分子动力学模拟。我们将介绍如何设置输入文件，以及如何设置从能量最小化到数据生成的所有步骤请参考本教程doi:10.5281/zenodo.10952993

本教程是基于GROMACS的交互式Jupyter笔记本。您可以在浏览器中在线运行教程，而无需安装任何东西，或下载它以与您的自己安装的软件。

要以纯文本形式查看教程，请单击在这里

联机运行本教程¶

由于以下原因，这些教程免费在线提供给您mybinder.org网站以及他们的赞助商。

或者，单击以在BioExcel-binder上运行免费的在线交互式活页夹。请注意，访问BioExcel-Binder需要GitHub帐户。

您需要在终端命令行上安装一些软件才能脱机运行教程。Jupyter笔记本是基于Python构建的，GROMACS教程内容还需要其他各种Pythons包。请按照以下操作系统说明获取合适的终端。

您可以使用标准的终端应用程序。您可以通过聚光灯搜索启动终端，单击左上角的放大镜图标或按命令空间键组合。然后键入“终端”并按Return，将出现一个终端窗口供您使用。

我们强烈建议使用（并在必要时安装）用于Linux的Windows子系统WSL。在它内部，您将需要Python 3和第二个Pythone环境管理器。有关此操作的有用指南，请参阅https://github.com/kapsakcj/win10-linux-conda-how-to.

您可以使用标准端子。按“Ctrl-Alt-T”组合键，将出现一个终端窗口供您使用。

然后从下载笔记本和支持文件的存档这个链接

将其保存到主文件夹中的“Downloads”文件夹中。

打开命令行终端，创建一个文件夹以运行教程，然后将其更改为：

mkdir公司 膜蛋白光盘 膜蛋白

使用解压缩文件

解压缩 ~/下载/膜蛋白main.zip

如果失败，您可能需要安装解压缩程序，例如使用sudo apt-get安装解压缩然后再试一次。

现在，使用miniconda为GROMACS教程创建环境，其中包括：

#对于所有用户，Linux、MacOS和Windows用户康达 环境价值 创造 --姓名 膜蛋白 --文件 环境.yml

通过以下方式激活：

康达 激活 膜蛋白

最后，您可以在浏览器中使用启动本教程的Jupyter笔记本

朱庇特笔记本 教程.ipynb