生物序列比对是生物信息学中的一项基本技术，它包括识别在两个序列中以相同顺序出现的相似（保守）特征序列，并最终推导出一组涉及将一个序列转换为另一个序列的修改（替换、插入和删除）。这种技术允许人们根据序列相似性推断两个或多个生物序列是否具有潜在同源性，即它们是否共享一个共同的祖先，从而能够理解序列进化。本文在两种不同的背景下解决序列比较问题：同源性检测和高通量DNA测序。这项工作的目标是开发敏感的比对方法，为以下两个问题提供解决方案：i）当差异的来源是移码突变时，通过蛋白质序列比较检测隐藏的蛋白质同源性，以及ii）绘制短SOLiD读数（以颜色编码的重叠双核苷酸序列）参考基因组。在这两种情况下，采用了相同的总体思路：隐式比较DNA序列以检测这一级别发生的变化，同时在实践中操作其他表示（蛋白质序列、二核苷酸代码序列），这些表示提供了额外的信息，从而有助于改进相似性搜索。目的是设计和实施精确的启发式对齐方法，以及适用于这些场景的评分方案。
L’alignment de sésequences biologiques est une technique fondamentale en bioinformatique，et consisted a identifier des s s séries de caractères similaires（conserveés）qui applaissend dans le méme ordre dans les deux sequence，et a inferer un ense de modifiements（替换、插入和抑制）这意味着丹斯将在未来实现“unesésequence”的转变。Cette technique permet de déduire，sur la base de la similaritéde sésequence，si-deux ou plusieurséquences biologiques sont potentialement homologies，donc-sieles partiagent un ancétre common，permettant ainsi de mieux compendre l’e volution des sequences。塞特塞斯（Cette thèse）在世界范围内讨论了两个干部不同的序列比较问题：同源性保护和特殊性。这项工作的目标是开发两个问题解决方案的一致性方法：i）保护措施中的同源性检测，与保护措施的序列相比较，这是由于讲座干部的突变导致分歧的根源，et ii）根据国家标准对SOLiD（双ucléotides chevauchantes codés par des couleurs）进行映射。Dans les deux cas，laméme idée e générale est appliquee：比较隐含序列d'ADN pour laétection de changements qui se productionáce niveau，en-manipulant，en-pratique，d'autres représentations（序列保护，序列代码无效）qui fornissent des information supplientaires et qui aidentáaméliorer la recherche de similarits。《理想与方法的应用》（Le but est de concevoir et d’appliquer des méthodes exactes et heuristiques d’alignment）、《得分体系》（ainsi que des systemes de scores）、《适应体系》（adaptésáces sc narios）。
