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轧边机
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68
意见
EdgeR-具有低计数数据的logFC的明显错误方向
利马
边缘R
1小时前更新者
戈登·史密斯
51万
•
1天前由编写
布尔墨菲
•
0
1
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1
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100
意见
DESeq2中的分散性拟合较差
利马
设计2
RNA序列
边缘R
2天前
本
▴
10
1
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2
答复
184
意见
edgeR中的结果不一致
边缘R
7天前
大屋平子
•
0
1
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1
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332
意见
使用edgeR帮助设计RNA-seq数据矩阵
边缘R
RNASeq数据
19天前更新者
戈登·史密斯
51万
•
21天前写的
埃里克·伯查德
•
0
2
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9
答复
643
意见
寻求对来自多组织和患者的RNA-seq数据使用edgeR和variancePartition的建议
边缘R
差异分区
27天前更新者
戈登·史密斯
51万
•
作者:4周前
Seymoo公司
•
0
0
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三
答复
367
意见
比较来自两个Rna-Seq数据集的常见差异表达基因。
设计2
边缘R
差异表达式
作者:6周前
舞曲
•
0
1
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2
答复
373
意见
分析大型单细胞序列数据集(>450000细胞)的预期内存使用量?
大数据
群集
记忆
单细胞实验
边缘R
6周前更新者
亚伦·伦
★
2.8万
•
作者:7周前
约瑟夫
•
0
0
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1
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264
意见
edgeR-设计复杂矩阵
设计
模型矩阵
边缘R
复杂设计
6周前更新者
戈登·史密斯
51万
•
7周前由编写
卡拉
•
0
三
投票
三
答复
440
意见
不同RNA-seq数据的CPM优化计算
边缘R
7周前更新者
詹姆斯·麦克唐纳
6.7万
•
7周前由编写
阿赫迪
▴
50
0
投票
4
答复
439
意见
EdgeR中的DE分析/谁能帮我吗。
RNASeq数据
DEG图
RNA序列
边缘R
DegNorm(度正常)
作者:11周前
邵真
•
0
1
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8
答复
723
意见
关于glmGamPoi/edgeR中偏移量的适当性的建议
设计2
全球伽马波依
抵消
边缘R
scRNA序列
11周前更新者
戈登·史密斯
51万
•
3个月前由
亚历克
•
0
三
投票
5
答复
1.2公里
意见
在edgeR中跨复制实现伪批量供体的正确方法
假体积
边缘R
差异表达式
3个月前更新者
雷扎·甘萨里
•
0
•
6个月前由
杰克·S。
▴
50
0
投票
4
答复
479
意见
单细胞实验:差异表达“长度0列表”-帮助!
差异表达式
尖叫声
散射
单细胞实验
边缘R
3个月前
沃哈拉岛4
•
0
三
投票
6
答复
732
意见
比较两组edgeR-系数和logFC解释
边缘R
3个月前
JG13型
•
0
三
投票
2
答复
492
意见
使用limma-NanoString GeoMx-NGS RNA表达数据识别DEG
NanoStringNC工具
利马
表达式数据
RNA序列
边缘R
4个月前
穆罕默德图菲克91
▴
10
三
投票
三
答复
554
意见
如何正确调整edgeR中的性别
设计
glm公司
边缘R
4个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
4个月前由
吉勒莫
•
0
1
投票
三
答复
533
意见
如何接近时间进程RNAseq数据?
在时间点组中看到80%的DE基因
差异表达式
时间课程
timeOmics公司
边缘R
RNA序列
4个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
4个月前由
艾希礼
•
0
0
投票
1
回复
327
意见
需要求助
RNASeq数据
边缘R
4个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
4个月前由
兹巴哈里
•
0
4
投票
2
答复
969
意见
为什么GSEA对随机样本的edgeR结果给出了高度显著的p值?
fgsea公司
边缘R
4个月前
基因生物导体
▴
10
1
投票
2
答复
544
意见
edgeR用户指南引文
边缘R
5个月前由
k个___
▴
30
4
投票
6
答复
841
意见
FilterByExpr计数低,样本量小
边缘R
5个月前
乔纳森
▴
10
0
投票
2
答复
318
意见
如何使用edgeR软件包制作DGEList和设计矩阵
DGE列表
边缘R
5个月前
价格6459
•
0
0
投票
三
答复
453
意见
使用edgeR查找DEG
子设置数据
边缘R
设计矩阵
5个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
5个月前由
价格6459
•
0
5
投票
三
答复
651
意见
limma的对数cpm值
利马
边缘R
RNA序列
4个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
5个月前由
沙伊马·贾马尔
•
0
三
投票
三
答复
675
意见
edgeR中的置换测试
rna-seq基因
边缘R
5个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
5个月前由
内塔尼尔
•
0
1
投票
三
答复
563
意见
为什么我的基因没有显著差异表达?
limmaGUI公司
边缘R
利马
5个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
5个月前由
希姆兰
•
0
5
投票
6
答复
762
意见
非完全配对差异基因表达分析
边缘R
差异表达式
5个月前更新者
A点
★
4400万
•
作者:5个月前
nhaus公司
▴
70
1
投票
三
答复
486
意见
DGE对象中的库大小与原始库大小不同
边缘R
差异表达式
5个月前更新者
詹姆斯·麦克唐纳
6.7万
•
5个月前由
沙伊马·贾马尔
•
0
0
投票
2
答复
425
意见
edgeR分析:glm函数和偏移矩阵
tximport(最大端口)
边缘R
规范化
5个月前
玛丽安娜
▴
20
0
投票
4
答复
720
意见
调整RNA-seq计数(多个批次变量)以绘制差异表达基因
战斗
特别行政区
边缘R
5个月前
露西
▴
60
三
投票
5
答复
901
意见
plotMDS和PCAtools的不同结果
边缘R
PCA工具
5个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
费边
•
0
0
投票
6
答复
612
意见
使用EdgeR对RNA-seq数据进行比较
元MS数据
边缘R
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
费萨尔
•
0
0
投票
1
回复
474
意见
使用边缘R/limma-voom的拼接接头计数
拼接
利马
边缘R
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
铲_流_06
•
0
5
投票
三
答复
1.2公里
意见
我应该使用什么基准来设置EdgeR filterByExpr min.count参数?
边缘R
差异表达式
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
杰克·S。
▴
50
2
投票
三
答复
489
意见
edgeR,3 x 2设计,具有批处理效果和对比
设计
边缘R
对比度
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
杰金(JKim)
•
0
0
投票
2
答复
504
意见
RNAseq分析
rna序列基因
边缘R
DEG图
差异表达式
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
兹巴哈里
•
0
2
投票
2
答复
452
意见
车道间归一化上分位数
EDASeq公司
边缘R
6个月前
埃列索菲
•
0
2
投票
2
答复
445
意见
关于在edgeR中提取用于成对比较的系数的问题
利马
适合
设计
RNA序列
边缘R
6个月前
萨比哈
▴
20
1
投票
三
答复
644
意见
交叉谱分析-如何计算中亲值?
设计2
利马
边缘R
差异表达式
7个月前由
第23页
•
0
0
投票
1
回复
357
意见
在model.matrix中使用不同子组的DGE的不同结果
边缘R
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
6个月前由
费边
•
0
0
投票
11
答复
1.1公里
意见
差异甲基化位点分析中奇怪的logFC值
边缘R
甲基化阵列
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
作者:7个月前
微克
•
0
0
投票
1
回复
449
意见
精确测试与QLFTest
边缘R
6个月前更新者
戈登·史密斯
51万
•
作者:7个月前
fr8712ca-s
•
0
1
投票
6
答复
831
意见
甲基化计数分析中的库大小标准化
边缘R
甲基化阵列
7个月前
微克
•
0
2
投票
6
答复
662
意见
edgeR:CRD阶乘中的DEG(2x2x2)
边缘R
7个月前
tsl0026号
•
0
5
投票
4
答复
639
意见
EdgeR中对比度权重对LFC的混淆
边缘R
7个月前
第23页
•
0
0
投票
8
答复
998
意见
在edgeR中使用精确测试、glmLRT测试和glmQLF测试得出的差异结果
边缘R
7个月前
玛丽安娜
▴
20
4
投票
2
答复
906
意见
如何测试EdgeR中的交互?
边缘R
7个月前
第23页
•
0
0
投票
4
答复
573
意见
嵌套成对设计
边缘R
7个月前
曼都奇
▴
10
1
投票
2
答复
595
意见
如何获取edgeR中甲基化计数的标准化值
边缘R
甲基化阵列
7个月前
微克
•
0
2
投票
三
答复
591
意见
RUVg校正后的TMM归一化
RUVSeq公司
利马
差异表达式
边缘R
规范化
7个月前更新者
詹姆斯·麦克唐纳
6.7万
•
7个月前由
沙伊马·贾马尔
•
0
50
结果
•
第页
第1页,共1页
最近。。。
答复
备注:Deseq2新手-DEG问题/MA图
通过
猛撞
▴
210
交叉发布到Biostars:
https://www.biostars.org/p/9602828/
答案:生成错误报告
通过
牧羊人
400公里
请记住,Bioconductor的开发分支和发布分支(当前为release_3_19)上始终有两个活动分支。
它…
评论:Biomart存在问题-无法访问集合
通过
生物学者
•
0
有没有可能为useMart而不是useEnsemble获得类似的功能
还是这样不行?
(我收到一个错误,说没有端口)。
许多…
评论:EuroBioC2023摘要提交已开放!
通过
芬尼安弗利
•
0
在此处提交
https://openreview.net/group?id=bioconductor.org/EuroBioC/2023/
[股暗示](
https://strandshint.io网址
)
本文提供…
答案:Deseq2新手-DEG问题/MA图
通过
A点
★
4400万
1) 不,看小插曲。
折叠变化收缩是通过“lfcShrink”函数完成的,rlog不是差异测试的一部分。
这是一个…
投票
答案:“qsea”中的addPatternDensity耗时过长
答案:批量调整基于队列的RNA序列数据
答案:批量调整基于队列的RNA序列数据
回答:无法发布问题?
答:过滤低覆盖率RRBS计数会导致很少的读取。
有其他选择吗?
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