我正试图对一些来自人类个体群体的ATAC-seq数据进行等位基因不平衡分析。因此，每个SNP都会有一些杂合个体和一些纯合个体。在这种情况下，我的表格包含了杂合个体的计数，但纯合个体的NA值。
我试着跟随apeglm的小插曲，计数的建模比率部分以执行β-二项式拟合，但如果我提供带有NA值的表格，它将失败，并出现以下错误：
seq_len（sum（非零））中出错：参数必须强制为非负整数追溯：1.系统时间({.for（i in 1:niter）{.param<-cbind（theta.hat，cts）.fit.mle<-apeglm（Y=ase.cts，x=x，log.lik=空，.param=参数，no.srink=真，log.link=假，.method=“betabinCR”）θhat<-bbEstDisp（成功=ase.cts，大小=cts，.x=x，beta=fit.mle$map，minDisp=0.01，maxDisp=5000）. }. })2.apeglm（Y=ase.cts，x=x，log.lik=NULL，param=param，no.srink=TRUE，.log.link=FALSE，method=“betabinCR”）#位于文件的第7-8行3.betabinApp例程（Y，x，weights，offset，param，prior.control，方法、结果、界限、优化方法）4.sapply（seq_len（总和（非零）），函数（i）{β宾Fn（initC，x=x，y=YNZ[，i]，size=sizeNZ[，i]，θ=θ[i]，权重=权重NZ[，i]，σ=σ，S=S，no收缩=no收缩，收缩=收缩，cnst=0）.｝）5.重叠（X=X，FUN=FUN，…）
分析这些数据的正确程序是什么？我需要用一些东西填写NA值吗？
我想知道是否有任何代码/教程来运行这种分析，包括p值的估计？
