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教程：目标方法编辑使用pepXML和mzXML构建的MS/MS光谱库和FASTA格式文件中的背景蛋白质组，为目标蛋白质组学实验创建Skyline文档。将这些与全球蛋白质组机器的公共MS/MS光谱库相结合，以指导创建针对选定酵母蛋白质、肽和产品离子的新Skyline文档。从本文档中，导出一个转换列表，准备在SCIEX 4000 Q Trap上运行。（26页）
教程：目标方法优化完善一系列SRM测量，导入仪器数据，并完善文档。从一份未定义的文件开始，需要2000多次转换和39次注射，才能在Thermo TSQ上进行计划外测量。了解如何将所有39次注射导入到单个复制中。使用天际线优化对话框删除最高置信峰值的所有过渡，但最好的过渡除外。（28页）
教程：分组研究数据处理使用Skyline有效处理多重复研究数据。对14只大鼠的血浆进行研究，取一组已被优化为可检测的初始靶点，并进一步完善这组靶点，以证明健康和患病受试者之间的丰度差异。学习使用强大的Skyline交互式显示器快速调查和了解数据异常。获得Skyline Group Comparison框架的经验。（70页）
教程：现有和定量实验从公布的过渡列表和SRM质谱仪数据的实验开始，进行定量实验和同位素标记的参考肽。学习使用几个可用的峰值面积和保留时间摘要图表在Skyline中分析数据的有效方法。（43页）
教程：MS1全扫描过滤使用数据依赖性采集（DDA）实验中的MS1扫描测量肽表达的定量差异。从发现数据集生成光谱库，建立用于MS1过滤的Skyline文档，导入原始质谱数据以从MS1扫描中提取前体离子色谱图，在MS/MS肽识别的指导下进行峰值拾取，并在Skyline中进一步处理生成的定量数据。（38页）
教程：MS1筛选的DDA搜索从DDA质谱仪文件开始，使用MS Amanda进行肽搜索，根据搜索结果构建光谱库，最后从DDA文件中的MS1光谱提取色谱图进行定量分析。（19页）
教程：平行反应监测（PRM）使用在低分辨率Thermo LTQ和高分辨率安捷伦6520 Q-TOF上采集的目标MS/MS（PRM）数据。对使用前体和片段离子在低分辨率和高分辨率仪器上测量的肽定量之间的选择性和灵敏度差异有了新的理解。探索使用Skyline提供的丰富功能集分析基于色谱的定量蛋白质组学数据的新方法。（40页）
教程：基础数据独立采集使用工作流程处理数据独立采集（DIA）数据，该工作流程利用在同一仪器上串联采集的DIA和DDA运行。定义并导出DIA隔离方案。根据DIA运行实验前采集的DDA数据建立光谱库。根据光谱库为一组目标蛋白质选择肽和过渡。导入并分析Skyline中的相关DIA运行，以了解开始使用DIA的简单启动工作流。（40页）
教程：DIA/SWATH数据分析根据纳瓦罗《自然生物技术》2016年基准文件，使用为教学而创建的三有机体混合数据集，使用Q Exactive或TripleTOF仪器中的数据独立采集（DIA）数据。使用DIA的Import Peptide Search向导从DDA数据构建光谱库，并使用自动iRT校准进行保留时间校准，使用mProphet学习模型进行肽峰检测。（32页）
教程：diaPASEF数据分析使用基于Navarro，Nature Biotech 2016基准文件创建的用于教学的三种生物混合数据集，使用Bruker timsTOF仪器中的数据独立采集（DIA）并行累积序列片段（PASEF）数据。进行小组比较，并自行评估数据捕获每个生物体预期比率的效果。（36页）
教程：小分子目标使用Skyline瞄准小分子离子。导入代谢组学实验中使用的小分子过渡列表，并从Waters Xevo TQS导入14次运行。开始学习如何将Skyline界面的功能应用于小分子实验。（9页）
教程：小分子方法开发来自文献引用的靶稳定同位素标记的小分子，仅指定为前体m/z、产物离子m/z和碰撞能量值。了解有多少现有的Skyline功能（最初是为目标蛋白质组学而创建的）现在可以应用于小分子数据。（28页）
教程：小分子多维光谱库使用光谱库和离子迁移率过滤，在复杂离子迁移率光谱质谱（IMS-MS）数据中确定脂质。探索包含m/z、保留时间、碎片和离子迁移性信息的光谱库，并了解如何使用每个分子的CCS值来提高前体和片段提取离子色谱图的选择性。（23页）
教程：小分子量化指定为前体离子化学式和加合物的目标小分子，以及产物离子m/z值。导入在三个四元柱上使用LC-MS/MS收集的多重复数据集，并查看最初为目标蛋白质组学创建的现有Skyline特征中有多少现在可以应用于小分子数据。（23页）
教程：Hi-Res代谢组学目标小分子指定为前体离子化学式和加合物。导入在Q Exactive Orbitrap质谱仪上收集的一组血浆样本的多重复数据集，并查看有多少最初为目标蛋白质组学使用而创建的现有Skyline特征可以应用于小分子数据。（18页）
教程：绝对量化使用天际线校准定量来估计实验中肽的绝对分子量。（19页）
教程：自定义报告使用自定义Live Reports查看、编辑和导出Skyline文档中的各种值。这些报告非常适合在Excel中使用，或与用R、Matlab、Java、C++和其他语言编写的自定义代码一起使用，以便在使用Skyline处理仪器输出后进行深入的统计分析。还学习使用Skyline结果网格视图访问这些值，并在检查Skyline中的数据时添加自定义注释。（38页）
教程：高级峰值拾取模型创建高级模型，将目标肽与Skyline中的色谱峰进行匹配。Skyline支持使用mProphet半监督学习算法创建单个峰值分数的线性组合。学习生成诱饵肽和过渡，创建和评估mProphet评分模型，并将其应用于SRM和DIA/SWATH数据的Skyline色谱峰拾取。（28页）
教程：iRT保留时间预测在Skyline中使用iRT，这是一种将校准的、经验性测量的肽保留时间存储在库中的技术，用于未来预测预定采集和峰值身份验证的保留时间。在本教程中，您将校准自己的iRT计算器，并了解更多有关Biognosys为其iRT套件中的肽标准提出的iRT-C18校准的信息。（31页）
教程：碰撞能量优化使用天际线优化碰撞能量（CE）值。为包含30个肽前体的文档创建预定CE优化转换列表。使用Thermo TSQ Vantage提供的RAW文件，您将重新计算用于计算该仪器CE的线性方程。您还将导出一个转换列表，其中包含针对每个转换分别优化的CE值。（12页）
教程：离子迁移谱过滤使用Skyline处理IMS-TOF数据。为添加到酵母中的BSA训练漂移时间预测程序，并了解离子迁移率分离如何提高复杂数据中色谱提取的选择性。学习如何使用Skyline中的离子迁移率数据，探索IMS质谱仪产生的3D（m/z、IMS、强度）光谱。（26页）
教程：光谱库资源管理器使用天际线光谱库资源管理器。了解有关使用含有15N标记和磷酸化肽的MS/MS光谱库处理同位素标签和产品离子中性损失的更多信息。使用Library Explorer加速霰弹枪发现实验和目标调查之间的过渡。（22页）
教程：审核日志记录在Skyline中使用审核日志记录。了解如何生成完全审计记录的Skyline文档，以帮助他人复制您的研究。了解如何使用“审核日志”网格视图，该视图是“文档网格”的扩展，用于浏览记录的更改并提供所做更改的原因。最后，您将把文档上传到Panorama，并查看如何通过可浏览的web界面捕获审核日志以供查看。（23页）
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